冯又从江苏都督被任命为宣武上将军，督理江苏军务冯和禁卫军的关系，确是像他当时对部下所保证的那样，在民国4年（1915年）禁卫军改编为陆军第十六师以前，他始终是这个军的首长。他的名义是，在清末时叫总统，到了民国就改叫军统。这个军统的头衔，从他就任直隶都督起，后来在“赣宁之役”，他担任第二军军长，直到最后他被任命为江苏都督，一直是他遥领着的。等到这个军改编为陆军第十六师，师长便是原来的协统王廷桢（王廷桢后来还兼任了江宁镇守使），可是，这个师也还继续由冯统帅调遣。

当冯就任了直隶都督以后还不到一年，也就是民国2年（1913年）的6月间，他奉袁世凯的命令，组织了第二军南下作战，这便是所谓的“赣宁之役”了。当时的第二军是沿着津浦铁路南下的。另外，还有一支沿着运河线南下的队伍，便是当时驻防在兖州的张勋的定武军。这两个军的目标都是南京。

第二军的军司令部是设在专车上的。这个专车只在兖州车站停了一停，便径直地开到了滁州，沿途既没有遇见什么敌人，自然也就没什么战斗。等他们到了滁州以后，便听得南军第三师的骑兵第三团团长张宗昌要来面见冯军长。张的骑兵团，是在徐州一带和张勋的定武军接触过的，但是，一触即溃，不但全团几乎溃不成军，张本人的右手掌，也受了贯通伤。因此，张便带着他的残兵败将，退到了浦镇的芦席营。当冯听到了张要来投诚的消息，就派了军司令部的高级参谋陈调元、李玉鳞二人乘坐着火车头前往联系。原来说定的是，由于路程较近，当天上午便可以往返。但是，过了中午以后，还不见这两个人安然归来，大家都不由得议论纷纷。有知道张的土匪出身的人，便认为他们一定是凶多吉少了。正在大家焦急等待的时候，忽然有前面的某一个车站通过铁路上的专用线给滁州车站打来电话，说是有一个火车头挂了一节三等客车已经由那一个站向北开来，车里并没有敌人，请千万不要开枪。过了不多的时间，便看到那个简单的专车飞快地向着滁州车站驶了过来，随着，又看到陈、李二人从专车上下来，陪同的一个彪形大汉，身材高大，面向凶恶，身穿日本的和服，右手包扎着，用绷带斜挎在那右胳臂上，这便是张宗昌了。他们下了专车，径直地奔上了冯的“花车”。又过了一会儿，冯便找了恽宝惠去，对他说：“你赶紧办一个委任令，委任张宗昌代理第三师师长。”等恽宝惠把这个委任令办好，由冯当面递给张宗昌的时候，又听冯对张说：“你赶紧回去，把你那里现有的官兵赶造一个花名册，明天就给我送来。”就这样，张宗昌满意地离开了滁州，而冯国璋的专车也就畅行无阻地到达了浦镇。

当冯部还在浦镇的时候，张勋的“辫子兵”攻进南京，奸淫掳掠，挨户大抢，所以，有的店铺和民户就在门口贴上了“本店被抢已光”“本宅被抢七次”等等的招贴。这时，南京地方上一经听到那“辫子兵”的头子做了本省的都督，便都异口同声地说出：“这下子可活不成了！”所以，绝大多数人都带着随身行李扶老携幼地往城外逃难。冯看到了这个情景，便对部下说：“咱们赶紧回江北去，咱们住在这里是很不方便的。”随即，他们回到了浦镇，住在了第一旅馆楼上。这时，南京的战事既已结束，冯的第二军当然没有什么用武之地。可是袁世凯却还不让冯回到他的直隶都督兼民政长的位置，所以，冯就在旅馆的楼上摆上烟盘子，整日看铅印本的红楼梦。

可是，当国人的申诉得不到结果的事情，却由于日本人的抗议而有了结果。“辫子兵”抢了日本人，激起轩然大波，张勋连忙向日本人赔礼道歉，弄得丑态百出。袁世凯为了进一步讨他的日本主子的欢心，一定要把张勋调离江苏都督的职位，就派了他忠实的爪牙阮忠枢特地从北京来到南京，对张勋做了一些说服工作。就这样，在民国3年（1914年）的1月间，张被调为长江巡阅使，驻在徐州；同时，又把那回到直隶本任不久的冯国璋，调回了江苏，接了张勋的后任。

随后，冯又从江苏都督被任命为宣武上将军，督理江苏军务，这就需要把原来的都督府改组成为上将军行署。当时行署的组织情况是：行署下设两厅，一个是参谋厅，主管军事；一个是咨议厅，主管政治。参谋长是师景云，他主管的有四课，除了恽宝惠以秘书长兼任其中的军法课长以外，军务课长为熊炳琦，军需课长为张调辰，军医课长为纪书元——这些人都是禁卫军军司令处的主要成员。咨议厅长是胡嗣瑗，他的下面有着几个咨议和秘书。

就在这个期间，行署的一些人不知不觉地便和那以前投诚过来的张宗昌都有了交往。这时，张的第三师的番号已经取消，冯便把他调任为陆军教育团的监理。张是一个喜欢热闹的人，所以这班人在公余之暇也就经常地和他在一起吃喝玩闹。在民国4年（1915年）的一个时期，忽然有几天的光景在那玩笑的场合里看不到张的踪影，大家都感到一些奇怪。后来才知道袁世凯发来密电，让冯设法把陈其美消灭掉。冯为了执行袁的这一阴谋，密派了张宗昌来担负这个任务，这个任务的代价是5万元。原来，陈其美这时正在上海的租界里搞倒袁活动，他为了壮大自己的力量，就尽量从各方面来网罗志同道合的人们，以便能尽快地举起反袁的旗帜。就在这个时候，张派遣他的部下程国瑞、王栋等一些人顺利地打入了陈的秘密组织。同时，陈又是一个好吃、好玩、好赌博的人，所以这些人就投其所好地和陈同吃、同玩、同赌博，慢慢地竟成为了陈其美的知心朋友。陈的设想是，上海的租界是袁世凯力所不能及的一个特殊地方，因此，他对于个人的防范戒备是不那么注意的。这就使得这一些人钻了空子。一天夜间，正当他们又在陈的住所里聚会的时候，便出其不意地用手枪把陈打死。等到陈的佣人听得枪声，喊来巡捕，那一些杀人凶手却早已逃之夭夭，不知去向了。

当冯在民国8年（1919年）12月因病死在北京的时候，陈的胞兄陈其采，由于和冯在前清军咨府里同过事，彼此的交情也比较好，还特地由南方赶来北京，抚棺一哭。却不料他面前使得他落泪的这个亡故的友人，便是刺杀他胞弟的指使人！