1912年2月15日，南方临时参议院正式选举袁世凯为临时大总统，称誉他为“中华民国之第一华盛顿”
1908年11月14日，光绪皇帝在中南海涵元殿驾崩。11月15日慈禧太后在仪銮殿死去。
慈禧太后的死亡，给袁世凯的政治前程蒙上了浓重的阴影。尤其是宣统皇帝年仅3岁，军政大权俱掌在摄政王载沣之手。而载沣正是光绪的弟弟。由于慈禧太后的关系，袁世凯一直是光绪皇帝的眼中钉。
据说，八国联军攻打北京时，慈禧太后曾明令害死光绪的爱妃珍妃，旋即仓皇出逃。光绪皇帝也被挟持在逃亡的行列中。他食不甘味，寝不安眠，心情极度抑郁，闷闷不乐。在中途休息时，他喜欢独自坐在地上玩耍，特别喜欢在纸上画大头长身的各种各样鬼形。他画了很多，又随手将它们撕碎。有时也画鸟兽，在乌龟的脊背上写上“袁世凯”3个字，贴在墙壁上，取出小弓箭，搭上箭头射击，然后再扯下来撕碎。
由于袁世凯与慈禧太后的关系和权势，对于光绪来说，他一生最痛恨的人就是袁世凯，他也常常提笔写下“杀袁世凯”这类的字条。光绪帝、慈禧太后死后，载沣任摄政王，代皇帝行政。他首先想到的就是杀袁世凯，替胞兄复仇。
康熙皇帝亲政后，曾经欲翦除权臣鳌拜，所用方法极为简便。据说，一次召见鳌拜时，康熙帝赐坐。鳌拜万万没想到，这一坐下，便惹来杀身之祸。因为椅子虽然四条腿，可长短不齐，鳌拜年龄又大，一屁股坐下去，自然身体就一晃。这一晃便是在皇帝面前有失检点，就是对皇帝大不敬。而“大不敬”属十恶不赦罪之首。由此鳌拜便身首异处。摄政王载沣也想引康熙帝诛除鳌拜的故事处死袁世凯。
摄政王代皇帝行政，诛杀一人，何患无辞。但载沣考虑的是杀袁世凯会引起什么样的后果。袁世凯当时是北洋军的首领，北伐军部将皆接受袁世凯的遥控，而且封疆大吏，朝臣王宫中，支持袁世凯的大有人在。
摄政王载沣曾为此询问奕劻、张之洞等王宫重臣的意见。奕劻和张之洞极力反对，认为太后刚去世，南方革命党活动日炽，内忧外患之际，政权内部不该互相倾轧，而且袁世凯手握重兵，杀袁世凯若激起兵变，更是难以驾驭。
载沣很有心振奋政绩，整肃朝纲，挽狂澜于既倒。然而，志大才疏，政基不稳，手无兵权，遇事处处有旧臣、老臣置碍，心有余而力不足。但是，除掉袁世凯，尽管奕劻和张之洞极力反对，他还是下定决心不用他了。
1909年1月2日，摄政王载沣以宣统帝名义发布上谕：
“军机大臣外务部尚书袁世凯，夙承先朝屡加擢用，朕御极后复于懋赏，正以其才可用，俾效驰驱。不意袁世凯现患足疾，步履维艰，难胜职任，袁世凯着即开缺回籍养疴，以示体恤之至意。”
袁世凯在慈禧太后死后，本就知朝不保夕，于是在奉旨次日，晋见摄政王谢恩辞行。
1月6日，袁世凯携家小离开北京锡拉胡同的寓所回原籍，开始了他长达3年的隐居生活。
但是，袁世凯离开北京后，并没有回老家项城，而是在彰德府，择一私人宅邸而居，在这里，他引洹河水入园，兼以假山亭阁，建立庭园，并起名曰养寿园。1911年10月11日，袁世凯正在养寿园内，庆贺他52岁寿辰，正在杯觥筹措、合家欢聚的时候，武昌起义的消息传来了。这个消息结束了袁世凯3年的隐居生活。因为这时能够应付革命军起义的，只有手握北洋军的袁世凯，于是，袁世凯东山再起的时候来到了。
最后，袁世凯以这样的条件出山：
“一、明年召开国会；二、组织责任内阁；三、解除党禁；四、宽容武昌起义人员；五、授予指挥前线军事全权；六、宽筹军费。”
10月27日，清廷授袁世凯为湖广总督，兼钦差大臣。10月30日，袁世凯自彰德南下，进驻湖北孝感，亲自督促北洋军猛攻汉口。11月1日，正式将汉口攻陷。同日，清政府发布上谕，宣告解散皇族内阁，委任袁世凯为内阁总理大臣。11月16日，袁世凯公布了内阁成员名单。
袁世凯出任内阁总理大臣以后,自知武昌起义的革命党人,远非昔日洪杨起事。孙中山的名字,他也并非陌生。而且,清王朝已穷途末路,所以,他对革命党人采取的策略便是议和为主。他曾写信给黎元洪,申明君主立宪政体下可以破除满汉之见，因此不必汉人打汉人。11月8日，黎元洪复信，坚决拒绝君主立宪制。但黎元洪表示为了使臣民免遭涂炭，若袁世凯明确表示拥护共和制，可以推举他为共和国第一任大总统。
这时，袁世凯的特使、北方议和代表唐绍仪和黄兴密谈的结果也是一样，只在袁世凯逼清王朝退位后，即推举袁世凯为民国第一任大总统。
1911年12月25日，孙中山先生从国外回到上海。孙中山的回国，令南方革命党人人心为之一振，反对议和的声浪顿时高涨起来。12月27日，已经宣告独立的南方17省举行代表大会，1月1日，孙中山正式在南京就职中华民国临时大总统。革命政府的成立，使袁世凯大为恼火。他下令部将冯国璋、姜桂题、张勋通电内阁，主张君主立宪制，反对共和，并呼吁王公贵族认捐军费。同时，袁世凯下令全军整备再战，借此声势与南方革命政府抗衡。此时，英、美、法、俄对清政府表示不承认南方革命政府，并向南方政府施加压力，宣扬若内乱不止，便以武力干涉。
革命政府内也意见纷纭，不少人开始埋怨孙中山的理想太高，不合实际。汪精卫曾质问孙中山：“你不赞成议和，难道是舍不得总统吗？”
因黎元洪、黄兴与袁世凯达成默契在先，而且这时革命政权内外交困，内部矛盾重重，为顾全大局，孙中山于1月16日正式致电，南方革命议和代表伍廷芳，请他转告袁世凯：“如清帝实行退位，宣布共和，则临时政府决不食言，立即可正式宣布解职，以功以能，首推袁氏。”