袁世凯挪用军饷，为的是在大乱之后收拢人心，增强韩人对华的向心力，并非私用。但不经请示批准而擅自做主，确实违纪，被人抓到了短处。人们指责其“专擅”，不是没有原因的，就此也可见其办事作风之一斑。其实，李鸿章是极为欣赏袁世凯的，但作为淮系集团的首领，也不能不敷衍那些跟随了自己多年的老部下，平息一下他们的不满。而袁世凯也看出风头不对，遂借口嗣母牛氏身体不适，请假归省。这是袁世凯走上仕途后的第一次蹉跌。
甲申政变的平息，袁世凯功劳最大，不惟未获嘉奖，反而颇遭物议，竟致被迫回乡避风，原因究竟何在？当时对其最为不满的就是吴长庆庆军的将领们。产生龃龉的最初原因，是袁在壬午兵变时雷厉风行地整饬军纪，得罪了庆军将领。如“分统提督黄仕林泣诉于吴公，谓公枉杀63。”至于“专擅跋扈”，则需具体分析。壬午整军，乃吴长庆特许便宜行事。甲申不待清廷指示出兵平乱，虽系袁氏力主促成，陈、吴、张等虽出于勉强，也是会议通过，不能称之为专擅。暂挪军饷抚恤死难韩人家属，虽然在袁世凯总理营务的职权之内，但没有时任清军总领的吴兆有的首肯，袁世凯恐怕是不能也不敢这样做的，否则他也不会敢于向李鸿章要求报销此笔款项。不料吴兆有事后来了个不认账，使袁不仅受到严厉申斥，而且要个人掏腰包赔补军饷。此事在他堂叔袁保龄给他的信中可以略见端倪：“你此次朝鲜之功，众论昭然，而吃吴某如此大亏者，就是犯了阔字之病。行有不得，反求诸己，怨天尤人，有什么益处呢64？”所谓“阔”者，在这里指的是手面大，好铺张排场，不吝惜钱财之义。这确是袁为人行事的一贯特点，所以袁保龄有“你的举动总不免于阔，是一个大毛病”的责备之言。胡思敬所撰《大盗窃国记》为批判袁世凯所作，但也不得不承认袁有善以名利驱策天下的本事：
世凯生平，滥交污取，俯视一切，不问家人生产。从他少年的时候，即好为游荡。偶尔有点钱，总是招呼朋友们饮酒，倾刻而尽。……其横绝古今，为诸多奸雄所不及者，敢于用财，视黄金如同土块；敢于用人，不念私仇，不限流品，不论资格而已。名利能令普天下的人争相向前，所以小人皆乐于为他效力。65
至于“跋扈”之说，可见于张謇给袁世凯的书信之中。张謇自1876年入幕府，直至1884年吴长庆病故于金州，一直在吴幕中参与机要。不仅资格老，而且极受吴长庆及庆军上下的尊重。在袁世凯初入吴幕时，他还辅导过袁读书，彼此间有师生之谊。张显然是从吴兆有等留驻朝鲜的庆军将领处得知袁的所作所为的。他在信中列举袁之种种跋扈情形是：
袁司马66所谓的营务处，是分统三营的营务处；会办朝鲜防务，是孝亭的会办，(任命的)公牍俱在，文理昭然。而司马的信函封面自称“钦差北洋大臣会办朝鲜防务总理营务处”，是不屑于上述职务吗？那么就不应接受差事。是以此愚弄朝鲜人吗？则朝鲜人不全是无知。是偷借北洋的名义骗人吗？则人是不可以欺骗的。弹劾左宝贵的言官，列举了他妄称“钦差”、“钦命”字样，不知司马此种举动，与左宝贵有何差别？这是一件事。
营务处只是件差事，而(你的)官阶则是同知，才五品么。对于镇将用扎，对于州县官用扎，算是身份上的需要。以道员兼营务处的身份，对于实缺的提督总兵，也应当用扎吗？事情荒谬反常，这也是一件事。
既然身为孝亭的会办，同见国王时，便应当由孝亭在前，一应公事，便应当把孝亭的职衔放在前面。而(你)事事任性，妄自尊大，威福在我，凌蔑一切，致使将领寒心，士卒愤涕。司马是说凭势力可以镇摄人，靠权诈可以处世吗？不学无术，这又是一件事。
内地的职官，只有实缺官员出行排列仪仗，像营务处、营官，从未见过有用仪仗的。乾隆嘉庆年间册封使臣到朝鲜时，国王以肩舆相迎，(使臣)曾被诏旨申饬。而司马居然乘舆张盖，制做五色马旗，出入都有部下呵斥清道，平时在兵船上建树黄龙大旗。不知置自己于何种地位？置孝亭于何种地位？置国家体制于何种地位？这是一件事。
……此次国王来函，没有一处不提到“袁会办”，而孝亭在书信中反而好象是被顺带提及一样，这难道不是由袁司马的心思、力量、手眼所造成的吗？……67
张謇信中罗列袁氏诸般跋扈的事实，实来自于吴兆有等驻韩将领。孝亭是吴兆有的字，而吴是留驻朝鲜的庆军分统，朝鲜防务的总办。张謇以老师的身份，写信责备袁世凯，全信含讥带讽，口气十分不客气。信中不称慰庭而称“司马”，意在提醒袁世凯，你不过是个五品的同知而已。张謇的指责，实际上也代表了吴兆有等庆军将领，归纳起来，无非两点：
一、妄称钦差，仪仗逾制。根据是袁在自己行文发函的封面上题有“钦差北洋大臣会办朝鲜防务总理营务处”的落款，但不确实，是道听途说或有意诬蔑之辞。从今天所能见到的袁世凯当时的信函看，其信封上的署名格式为：“钦差北洋大臣奏派总理亲庆等营营务处会办朝鲜防务袁68”，在“钦差北洋大臣”后空一格，在袁的职务前则有“奏派”二字，说明袁之任命系由李鸿章上奏委派，故用此格式，除表现袁有高自标置的心理而外，并无任何逾格僭制之处。诚如张謇所说，吴长庆回国后，吴兆有为朝鲜防务总办，作为会办，袁只是吴的助手。但诸多对韩对日对各国使节的交涉，多由袁出面，他用“钦差北洋大臣奏派”的名义，出入仪仗逾制，实在有其不得已的苦衷。
清廷自认是“天朝上国”，不屑于与属国互派使节，因为互派使节就意味着关系平等，有违“天朝”的体制。所以，只派陈树棠以“总办朝鲜商务委员”的名义常驻汉城，朝鲜之商务、外交由其监管。但此种做法不合国际公法，列强驻汉城使节也决不会接受，否则就等于他们也承认清廷是比其高一等的所谓“上国”。不仅如此，列强使节们还借口所谓“商务委员”充其量是个商务代表之类的角色，不具有全权使节的地位，在外交场合往往故意轻视清使，以此贬辱清廷的妄自尊大。譬如1885年，李鸿章在向译署69推荐袁世凯的函件中即指出，“陈树棠充通商委员，各使均鄙为不得与领事同品，平日宴会应接，卑亢俱难70”。又如，甲申政变后，日本派井上馨为全权大使赴朝交涉，清廷则派吴大翨为钦差大臣前往查办。吴曾主动拜访井上，但井上故意以吴“无全权字据”加以拒绝。其后，吴曾硬闯入日韩交涉的会场，而“井上竟飘然而返，不一枉顾71。”由此可见，由于清廷坚持自己宗主国的特殊地位，使得中方官员在外交场合常因身份名义问题而难堪。袁世凯当时官职不高，但所代表的是国家，为防窘辱，在名义、仪仗上作了点文章，还是情有可原的。而李鸿章等也知道他们的难处，不愿深究，这可能也是袁世凯没有像左宝贵一样受到弹劾的原因。
二、妄自尊大，凌蔑一切。指作为五品同知的袁世凯，对官阶职级都比他高的将领们，特别是作为清军统帅，官居一品的吴兆有，行文一律用扎，给人以以下凌上的感觉。清代官场文书往来，分上行(即下级对上级)、平行(即同级对同级)、下行(即上级对下级)三种格式，而“扎”通常为下行格式。在对朝交涉事务中，袁则事事当先，以至于韩王把他当成了主角，而吴兆有等反而好像是次要人物了。清廷在朝官员，外交、商务由陈树棠负责，驻军、防务由吴兆有总办。袁世凯官职虽低，但总理营务处和会办防务的差事使他位居第三，他能力既强，交际又广，加之年轻气盛，勇于任事，不免给人以“一切更革，露才扬己”的印象。但袁世凯自幼混迹于官场，老于事故人情，为何一反常态，如此作为呢？张謇信中指责的诸事，都发生于吴长庆回防金州之后。此前，袁世凯虽因整饬军纪而与庆军将领产生龃龉，因少年新进而遭人忌恨，但因有吴长庆在，双方尚能相安无事。吴长庆撤离汉城，旋即病故于金州之后，双方都没有了顾忌72，矛盾遂至于表面化。但矛盾之最终激化还是在甲申政变之后。据沈祖宪等撰的《容庵弟子记》73记载，袁率中路清兵及朝鲜左右营(自敦化门)强行入宫后，即与守军展开激战，直至攻到王宫后院山坡下，方见率左路(自宣仁门)入宫的吴兆有正由两名士兵搀扶着仓皇走避：
兆有跌足号哭。袁公问其缘故，回答说：“士兵入宫受到攻击，逃跑溃散不知道哪里去了。”袁公笑道：“你作出这副模样，敌人就能放过你吗？不要乱我军心，赶快回营收集残兵吧。”袁公仍指挥众人前进，遇到埋伏的地雷，(敌人)格林炮齐发，有两名士兵被炮弹炸飞到空中，几天后才找到他们的尸体。地雷距袁公不过数十步，爆炸声浪把袁公震得仆坠到坡下，受了点轻伤，仍然率兵追击。听说日兵已归使馆，天快黑时遂收队回营。而袁公所训练的韩军与日本人所训练者仍在相互射击，枪声达旦，也未看见张光前部的士兵。派人查看，原来都在王宫西面金虎门内的高墙下躲避子弹，未敢发一枪进一步。袁公叹息道：“淮军的暮气怎么会到了这种地步啊！”
将吴、张二人作战中的表现说得如此不堪，不排除袁世凯为泄当年被中伤的旧恨而有意夸张，但淮军“暮气已深”并非虚言。军纪松弛，训练疲沓，临战畏懦74，日后甲午大败即种因于此。庆军创始人刘秉璋之子刘体仁在其所撰笔记《异辞录》中也曾述及淮军之暮气及其将领的庸劣，是其一证：
武壮(吴长庆谥号)出征高丽病故，张光前、黄仕林分别率部驻扎在旅顺，日寇到来时全都溃败逃走，……己亥年，文忠(李鸿章谥号)复出总督两广，光前前往道贺，说到自己曾到(安徽)无为县拜会文庄(刘秉璋谥号，刘为庆军创始人，庆军将领都是其老部下)而被拒于门外时，文忠说：“你是败军之将，(他)不见你是合适的。”既而，仍用张为两广驻军中的防营统领。文忠对于淮军旧部，终究还是顾念旧情的。75
袁世凯既眼见了吴、张等的“怯懦庸劣”，就难免不对这些人心存轻蔑，在举止行为上也会有所表露，而双方之矛盾也必然愈来愈深，乃至于不可调和。
甲申政变之善后，袁世凯大包大揽，操纵一切，未始不由他对吴兆有等的轻视和不信任所致。据郭廷以《近代中国史事日志》所记，清军在汉城北门关帝庙找到韩王李熙的当天(12月7日，旧历十月二十日)，即将其移至袁世凯营中。次日，“朝鲜国王在袁世凯营中延见各国公使”。10日，“朝鲜国王回宫，袁世凯带队护卫。”15日，“袁世凯禀告李鸿章，主张特派大员，设立监国，统率重兵，代理朝鲜内政外交，并示日本以必战，以促成和局76。”其间，“所有韩之内政、外交、军务悉请公主持调度”，而袁亦当仁不让，“代韩内筹抚治，外辑邦交77。”重组政府、抚恤被害重臣家属等均由其一手办理。
1885年1月1日(旧历十一月十六日)，清廷派出的查办朝鲜事务的钦差大臣吴大翨等到达汉城时，吴兆有等迎诸江渚，而袁独单骑迎于南门外，可见双方当时嫌隙之深。在追查中日交兵起因责任的过程中，袁世凯因与吴、张等人的关系紧张而陷入孤立，袁曾当众表示过自己愿意承当引发争端的责任，当然不能反口，而吴、张等不仅不愿代他分担责任，反而在背后中伤他；至于日本方面和其他暗中支持朝鲜自立的列强使节，更是众口一词地把责任归咎于清军和袁世凯。在这种内外夹攻的局面下，袁的日子很不好过。他的好友金允植曾叙述过他此时的窘境：“当时清廷钦差吴大翨来查诸将的功过，外国人全都以流言诋毁慰庭；留防朝鲜的清军诸将也都嫉妒其功劳而中伤他，而钦差对慰庭也追查得很急。慰庭愤懑不已78。”适逢家乡来信，得知嗣母牛氏身体不适，他于是以此为借口，提出回家省亲。
袁世凯借回乡省亲抽身而退，以屈求伸，不失为避风头的好策略。袁保龄对此颇为赞赏：“凯侄脱身回里，觉此子狡狯，亦复胜其痴叔矣79！”甲申事变中袁的出色表现已使他腾誉中外，加上他办事周到干练，大得钦差们的好感。不仅准其归省，且携其同船返津。吴大翨甚至对李鸿章说：“公一向说张幼樵80为天下奇才，在我看来天下奇才非幼樵，乃袁某也。”“两位特使入都复命，扬言于朝，认为公才可大用，由是名望重中外81。”李鸿章也对其“慰劳有加”，并保留了他的总理营务处和会办朝鲜防务的差事。在询及他与庆军将领的矛盾时，袁遵循乃叔的指教，不仅不为自己辩解，而且“无一语及吴兆有，李相咨嗟叹服82。”其后李对吴兆有等对袁的攻讦，不惟不听，而且在了解真相后将吴撤差83。其时，李鸿章已对袁世凯的才干、度量和能力有了深刻的印象，认定他在复杂环境中可以独当一面，而要把列强环伺的朝鲜牢牢控制在清廷的手中，李鸿章需要的正是这样一个得力助手。
日本政府在接到竹添关于甲申政变失败，使馆人员撤退至仁川的报告后，在研究善后对策时，虽认为超越公使职权，违背政府命令和条约擅自派兵入宫，责任在竹添。但政变既已发动，“召荣致辱，皆政府之责”，竹添代表日本，政府应出面迅速处理此事。并决定以外相井上馨为全权大使，率陆军两营、兵船三只赴朝交涉，以军事威胁迫使朝鲜就范，签订有利于日本的新的不平等条约。在交涉策略上，则只进行双边谈判，避免中国介入，以利于压服弱小的朝鲜。而对甲申政变本身，由于日本公使实为祸首，所以避谈起因，只谈善后，即“日馆焚毁”、“日人被害”问题84。
1885年1月1日，井上和清廷派来的钦差大臣吴大翨同日抵达朝鲜。当日，吴即晋谒国王，在笔谈中，吴秉承清廷“切勿与日人生衅”的指示，要求朝鲜息事宁人：“中朝不愿与邻邦失好，贵国又不能与日本相抗，其势不能不委曲求全，以息事宁人为归结85。”败者咄咄逼人，胜者反而软弱退让，清廷怕事妥协的对外政策，暴露了“天朝上国”外强中干的本质。特别是再一次在关键时刻牺牲朝鲜的利益，使朝鲜王室托庇于清廷的信心，刚刚恢复又随即动摇，引发了越来越大的离心倾向。朝鲜此后愈发坚定了结好列强以摆脱清廷控制，走独立自主道路的念头。此后十年的中朝关系竟成为波澜不断的控制与反控制的持久较量，这是清廷、李鸿章等始料所不及的。