当时中朝之间尚未架设电报线，公文均靠停泊于马山浦的北洋兵船函送天津北洋衙门，往来一次需要数天时间。如按常规请示，如此重大事变之应对决策非由北京的清廷最高当局做出不可，其间时间延误必不可免，而挽回大局的机会极可能就此失去了。在这个重大历史关头，袁世凯再次表现出其勇于任事、处事果断的过人素质。

5日(旧历十八日)上午，在开化派公布新政府名单时，清军将领们也在磋商挽救局势的对策。吴兆有、张光前全都表示“没有北洋的命令，不敢轻举妄动”；袁世凯强调事机紧急，已不可能待命而行；陈树棠则转达美、英、德三国使节要求清军暂缓行动的劝告，并表示自己意见相同，因为“恐怕我方士兵一出动，日方士兵必出面阻挠，将会说争端由我方挑起。而且朝鲜国王也没有派人来军营邀请我方出兵，因此师出无名45”。与袁交好的金允植也来函请清军暂缓出动，以免伤及被日本人挟持的国王。会商结果是，清军暂时按兵不动，由陈树棠、吴兆有紧急函告李鸿章朝鲜发生政变，请求增兵并指示对策，函件由泰安舰递送，途经旅顺时，交袁保龄先以电报拍发。而袁世凯则负责联络争取由其编练的朝鲜新军46，当晚，袁世凯向新军“发放上等成色的黄金六百两，与左右营指挥官金钟吕、申泰照秘密约定次日入宫，共同护卫国王47”。

6日(旧历十九日)上午，开化派政府发布改革政纲，汉城居民都已知道政变是开化派勾结日本人所为，“韩举国惶恐”。幸免于难的守旧派政府成员纷纷要求清军出兵干预，金允植、南廷哲亲赴清营“痛哭乞师”，领议政大臣沈舜泽“准备了印鉴文书恳求出兵救助国王”，内监沈相薰、承旨李凤九也以密函报告了宫内日本人和开化派的最新动向。清军将领仍整日会商对策，吴、张等仍犹豫不决。但在两次致信国王，要求晋谒并带兵入卫王宫的请求被拒绝，而致日本公使竹添的信函也迟迟没有答复的情况下，袁世凯以事态紧急，间不容发，而且应朝政府大臣的请求，师出有名，力主即刻入宫戡乱。“吴、张请再告急于北洋。袁公说：‘朝鲜的防务和外交，我负有专门的责任，如果因为挑起争端获罪，由我一个人承当，决不牵累诸位。’吴、张才勉强答应48。”袁世凯随即“按约定会合朝鲜左、右营，整队分三路入宫49。”袁率一营及朝左右营自任中路，入敦化门；吴率一营为左路，入宣仁门；张光前率一营为右路，负责策应。

袁世凯带队入宫后，即遭到守军猛烈射击，“枪子如雨”，清军还击，双方展开激战。宫内倾刻大乱，闵妃携王子趁乱逃出宫门，投奔北山清军营地。袁攻至景佑宫，发现国王已被转移，遂与退守楼台的敌军展开又一轮的激战。袁身先士卒，“左右前后，兵卒伤亡者枕藉”，随后“遇到袁公过去所教练的韩兵数百人，合力进战，士卒争先，声震屋瓦50。”新军的倒戈，使战局从相持转为有利于清军。竹添首先动摇，率领日军退回使馆，金玉均、朴泳孝等政变骨干亦随之逃往使馆，一路上受到聚集在宫外的市民的追打。洪英植等则护卫国王出宫赴北庙避难。整个战斗仅持续了一个时辰，清军获胜，但仍不知国王所在。于是悬重赏打探国王去向，夜间方探到国王下落，遂将国王接至吴兆有军营，洪英植等试图阻拦被杀。次日上午，国王移居袁世凯所部军营，并召集原政府成员金弘集、金允植等，商议善后，组成了以沈舜泽为首的新政府。8日，国王召见各国使节，告以政变平息。日使竹添因使馆连日遭到愤怒的汉城民众的围困和袭击，在致信袁等诿过卸责后，于当日自焚使馆，率领使馆人员、驻军和金玉均、朴泳孝等政变骨干逃往仁川领事馆。甲申政变以中国大胜，日本惨败告终。此后，袁世凯则应国王之邀，居于“偏殿楼下，与国王居所仅一墙之隔，朝夕接触会晤，握手谈心。各部大臣每日必造访袁公禀告公事，环绕左右听指挥。……袁公不动声色，代韩内筹抚治，外辑邦交。一个月来一手秉笔，一手按剑，衣不解带，目罕交睫。当时年龄才二十六岁，头发却由此而斑白51。”

清军当时在朝的三营兵力约一千五百人，朝鲜左、右两营约八百人。但袁世凯所统一营分驻马山浦，随其进宫的只有四哨。清军编制每营五百人，一营五哨，每哨一百人，考虑到军营尚需留守，而张光前所部并未参战，所以清军一方入宫参战者的实际人数应不足一千人52。在日本和开化党人控制的王宫中，有竹添带入的二百名日军和朴泳孝指挥的两营新军八百人，共一千人。在实力上，与对方相差并不悬殊，且已挟制了国王，控制了王宫，做战有险可据，以逸待劳。为何败得如此之快呢？一个原因是为防止与清军冲突，政变方未关宫门，从而失去了防守的优势和屏障，使清军得以顺利入宫。另一个原因就是日本人中途退缩，撤出王宫，导致军心瓦解。进一步分析，则政变与反政变之成败，实与双方领军人物的意志与决心有关。

政变一方的核心和主脑人物是日本驻朝公使竹添进一郎。竹添是个狂热的帝国主义分子，到任后积极扶植开化派，中法战争爆发后，则极力怂恿开化派发动政变，推翻政府，建立亲日政权。在政变前夕，竹添将政变计划报告日本政府，要求批准。但日政府在接到竹添报告的同时，也收到了驻华公使?木武扬的密报，说正在进行中的中法谈判，法国有意割占中国的台湾。日政府闻讯大为恐慌，认为台湾重于朝鲜，遂决定倾全力阻法夺台，指示竹添暂停发动朝鲜政变。而竹添不待政府之批准，即擅自决定立即发动政变。这是竹添的狠处。

反政变一方的核心和主脑人物应该说是袁世凯。袁是个坚定的“传统帝国主义”者53，为维护清廷在朝鲜的利益不遗余力，而且勇于任事，具有杀伐决断的作风。在政变突发，无法与国内及时联络，请示机宜，而且在政治军事上已经落了后手的形势下，不顾主官之犹豫，慨然自任，甘负严谴，断然出兵平乱。这是袁世凯的狠处。

也就是说，无论日方或中方，政变方或反政变方，其军事行动都是未经政府批准的行动。成功则罢，一旦失败，则会承担严重的罪责。所以无论哪一方，一旦发动，就非干到底不可。任何犹豫、畏缩和动摇都会使行动功败垂成，所以这又是双方领军人物个人意志的一场较量。从竹添和袁世凯在事变中的表现来看，其强弱优劣，高下立判。

在政变一方，起初进展相当顺利，确有出奇制胜的效果。清军猝不及防，国王、王宫、新军均已在政变者控制之下54；亲华的重臣被诛杀；开化派政府组成，新政纲发布；被挟持的国王召见了外国使节，政变似乎已经成为既成事实。但竹添低估了清军反击的意志和决心，没能迅速扩大战果，把优势转化成为胜利。由于政变并没有得到政府批准，竹添心里没底，没有破釜沉舟的决心，而是想控制事态，避免给清军以介入的借口。

5日(旧历十八日)晚间，清军沿宫墙巡逻至宣化门时，曾因阻止关闭宫门与守卫的新军发生争执。统领新军的开化派领袖朴泳孝主张与清军开战，但为竹添和金玉均所劝阻，他们主张避免与清军正面冲突，所以下令不关宫门，制造形势已恢复正常的假像，希望清军能够接受政变的既成事实。但此举等于放弃了防守的最大屏障，是军事上的大忌。袁、吴能够带兵顺利入宫，端赖于此。竹添之错，此其一。6日(旧历十九日)，在吴、袁两次派人入宫送信，要求晋谒国王并进宫入卫后，竹添内心已开始恐惧动摇，竟提出将日军撤出王宫，虽经开化派反复恳求，他勉强同意再留两天，但已极大地动摇和挫伤了政变一方的士气。竹添之错，此其二。当日傍晚清军强行入宫，激战后政变者不支，金玉均建议挟持国王退走仁川，再作后图，为竹添所拒绝。所谓挟天子以令诸侯者，合法性所在也。谁控制了国王，谁就有合法性，政治上就占有主动。不料竹添惶恐之际，竟主动放弃了政治、外交斗争中最关键的棋子。竹添之错，此其三。

反观袁世凯，在清廷驻朝官员中，主外交、商务者为陈树棠，长军事者为吴兆有，袁虽有总理营务处和会办朝鲜防务的名义，但权、位均在陈、吴二人以下。袁虽一开始就力主反击，但凡事均需会议，颇多掣肘，难以当机立断。陈怕引起中日冲突，主张缓发；吴、张则谓“无北洋令，不敢轻动55”。最后在袁表示所有后果他愿一身承担的情况下，吴等才勉强同意发兵。在双方的意志较量中，袁远胜于竹添。

其次，袁在朝鲜宫廷、军队内部建立起来的关系网络在反政变过程中起了重要作用。袁曾编练朝鲜新军，其治军虽严，但善于以恩驭下，颇为韩人感戴。政变时新军全在开化派控制之中，而经袁联络策动，其左右两营随即加入清军一方，加强了反政变的力量。朝宫廷内外的官员内侍不断向袁通报消息，使清军及时了解政变者的动向，也是反政变得以胜利的重要因素。在政治、军事资源的利用上，袁亦远胜于竹添。

开化派矫诏诛杀守旧派大臣、组阁、发布政纲、召见外国使节，全是以国王的名义进行的。清军干预政变，强行带兵进宫，用的也是护卫国王的名义。国王在谁手上，谁的行动就具有合法性。但竹添在紧急关头，竟轻易放弃了这一对双方都是至关重要的筹码。反观袁世凯之作为，他对这一点的认识，也远远超出了竹添。清军攻占王宫，遍搜宫内而不见国王踪迹，又传闻国王已经遇害。袁当即派人寻找国王的庶子，打算立为监国，以争取政治上的主动。在找到国王后，立刻迁入清营加以保护；迁回王宫后，袁更是以自己统带的部队入宫护卫，并亲自住在国王隔壁以便于控制。其实，国王当时已有离心倾向，虽未参与政变阴谋，但未必不愿意就此摆脱清廷控制。

正被中法战争搞得焦头烂额的清廷与北洋大臣李鸿章，接到甲申政变，清军卷入的消息，十分震惊。迟至九天后才发下“目前办法，以定乱为主，切勿与日人生衅”的密旨，态度十分消极。次日，朝旨对陈、吴派兵赴援的请求，予以驳斥，“目下办法，以查办乱民、保护朝王、安日人之心，并剖析中倭误会打架，以释衅端为第一要义。驻朝委员等所禀，请兵救援，此事本未与日本开衅，何援之有？所禀殊未可尽信。著吴大翨克日前往熟审机宜，悉心办理，一面迅速奏闻，并与李鸿章会商妥办56。”从清廷的指示来看，其大事化小,息事宁人的意图十分明显。如果按吴、陈的意见，坐等北洋和清廷的指示，固然在丢失朝鲜的责任上，可以为自己预留退路，但结果肯定会是政变获得成功，清军将被迫撤出朝鲜。实际上，由泰安轮传送的吴、袁等报告事变的函件，经丁汝昌由旅顺电报转发，10日(旧历二十三日)午间才传到北洋衙门，而朝廷的旨意更是迟至15、16日(旧历二十八、二十九日)才发布,而此时距政变的发动已逾半月,清军如没有当机立断地采取行动,政变早已成功是毫无疑义的。也正如陈树棠、吴兆有所担心的,清廷果然要追究谁先挑起事端的责任,并派吴大翨、续昌为钦差大臣前往查办。据说吴大翨原想以袁世凯作为替罪羊57，虽系齐东野语,但也反映出当时一般人均认为袁是在事变中起主要作用的人物。

实际上，在惊闻甲申政变而彷徨无计之际，得知清军已及时平叛，而没用国内派一船一舰，添一兵一卒，清廷和李鸿章实在是大喜过望，所谓查处肇事者不过是官样文章。就在朝廷委派吴大翨赴朝鲜查办事件的旨意下达之际，袁世凯关于政变始末的详细报告也送到了北洋，很得李鸿章的赏识。九天后，李发电报给行至山海关的吴大翨，告知他袁有一份报告，“分条详禀此事始末万余言，极为详尽，抵马山后可索取一阅58。”李鸿章的关照实已表明了自己的立场。而袁世凯也“详尽叙述政变起因、事实为一册，附列证据，派人等候在马山浦。11月13日，两位特使到达后，立即送览。”16日(公历1885年1月1日)，吴大翨等到达汉城，袁世凯参见时，对自己带兵入宫之事颇为理直气壮：

袁公入见说：“袁某带兵驻韩，责任即在于保护，如果失掉了韩国，并且丧失了其君主，朝廷会不会予以谴责？”吴公说：“必会严厉谴责。”袁公说：“既然拼以死力救护，韩之君主国家俱存，但也有擅自挑起争端之罪，愿朝廷按律法惩治。然而袁某自问，还是觉得无所愧怍啊。”吴公急忙说：“君劳苦功高，相见恨晚，当以实情上达。”续公也说：“我们自当竭力保全，希望不要灰心。”59

吴、续二人显然已受到李鸿章的态度和袁氏报告的影响，对袁已有很好的印象，而且吴是著名的主战派，故会有上述勉慰有加的话。但袁之出色，反衬了吴(兆有)、张(光前)的庸懦，因而吴大翨等对二人态度颇为轻视怠慢，对袁世凯则和颜悦色，引起了吴兆有等人的嫉恨60。加上袁平时锋芒毕露、跋扈专断的作风，吴、张等遂借查办的机会，将责任全部推到袁世凯身上；但发觉钦差对此不以为意，并不认真追查出兵责任(事实上他们认为袁能当机立断，挽回大局，不仅无过，而且有功)时，遂揭发袁挪用军饷一事。据王伯恭《蜷庐随笔》记载此事如下：

朝鲜甲申之乱，一时间重要大臣，全都被乱党杀死，慰亭(即袁世凯)对死者家属全都给以优厚的抚恤，仓促间没有钱，就挪用了军饷。事后，禀请合肥(即李鸿章)作为正项开支核销，合肥批评驳斥他说：“该管带纯粹是以银钱买结韩人之心，实属荒谬，所请示之事不予批准。”而且发函命令吴兆有，责令该管带将借用的军饷，照数赔补。慰亭之叔子久观察61，也寄函痛训他，令速为补赔。……于是慰亭交卸营务回籍，所借兵饷，则售卖家产进行补偿。