1949年，顾颉刚57岁。他没有走，留在上海复旦大学做教授。顾颉刚早年出身北大，是沐浴着五四的精神成长起来的，他在《古史辨》一册的自序中说过：“若是我不到北京大学来，或是子民先生等不为学术界开风气，”“要是不逢到《新青年》的思想革命的鼓吹，我的胸中积着许多打破传统学说的见解不敢大胆宣布。”五四精神鼓舞着顾颉刚，不仅仅是在学术思想上，而且包括他对社会生活的看法。作为学者，顾颉刚的学术道路与政治的关系并不大，但顾颉刚本人是受胡适、傅斯年、钱玄同等人的影响成长起来的，在精神上深信特立独行的原则。1925年对由女师大学潮引起的北大同人内部的矛盾，顾颉刚曾致函胡适，劝他“不必与任何方面合作，要说话就单独说话，不要说话就尽守沉默。”（《胡适来往书信选》上册341页，中华书局版）可见当时顾颉刚对学术之外的事情，兴趣并不大。顾颉刚小胡适两岁，但对胡适本人极其恭敬，凡给胡适写信，均以学生自称。1927年，顾颉刚就说过：“我以10年来追随的资格，挚劝先生一句话。”（同上，428页）顾颉刚对胡适热衷政治很不理解，劝他：“我期望先生的事业完全在学术方面发展，政治方面就此截断了吧。”（同上，收8页）顾颉刚和胡适过去的私谊极好，他们虽然是同龄人，但胡适对顾颉刚却有导师的作用，顾颉刚说过：“自从遇见了先生，获得了方法，又确定了目标，为学之心更加强烈。”（同上，531页）顾颉刚和傅斯年也是好友，但两人个性不合，顾颉刚也曾对胡适说过：“我和孟真，本是好友，但我们俩实在不能在同一机关做事，为的是我们俩的性质太相同了。”（同上，533页）我说了这些顾颉刚和胡适、傅斯年的关系，是想说明一个意思，我们曾经有很长时期，把当年胡适、傅斯年留在大陆的好友，简单地认为和他二人分道扬镳，这既不符合他们之间的本来情形，也不近人情。刘起（左金右于）先生在《顾颉刚先生学述》一书中曾有许多文字述及顾颉刚与胡适、傅斯年的不同，但多数不能服人（刘起（左金右于）《顾颉刚先生学述》第258页；1986年5月中华书局版）。50年代顾颉刚在批判胡适的运动中，表过态，写过文章，这也是事实，但对顾颉刚的这种做法，今天的人们已经能够理解，因为当时作为一个年逾六十的老人，在那样的气氛下说点假话，也不违情理。当年留在大陆的史学家，论和胡适的交情，有3个人最深，或者说，这3个人胡适对他们都有知遇之恩，一是吴晗，一是罗尔纲，还有就是顾颉刚，但3人中，只有吴晗没有写过批判胡适的文章。我个人理解，吴晗没有写，是因为当时以他的政治地位，如不是特殊情况，没有人再去运动他来表态。要是他还在大学教书，恐怕也不会不写。他们当时对胡适的批判，更多地映现了一个时代铺天盖地的政治狂澜，这狂澜中什么，人情、礼法、师友、前辈统统化为乌有，剩下的只是惟一的政治标准。对顾颉刚来说，他的内心不仅是痛苦的，而且是恐惧的，这在很大程度上代表了他同时代许多旧知识分子的心态。

1954年，顾颉刚由上海来到北京，很快和当时历史所的实际负责人尹达有了矛盾，一直闷闷不乐。作为学者，在当时的历史条件下，虽然他不敢拍案而起，但他的痛苦却在日记中流露出来。1952年4月2日的日记中有这样的记载：“作《东向与南向》，久不作文矣，今乃得闲作得一篇，大非易事！”（顾灏《顾颉刚年谱》346页，中国社会科学版）可见当时顾颉刚的心态。1952年7月，顾颉刚参加了上海高校的思想改造运动和三反运动。对这些运动的真实感受，他在日记中说：“此次学习，可怕者三：天正热，不堪炎热，一也。刺激太甚，使予接连不得安眠，二也。开会太多，无写作自我批判的时间，三也。”（同上，347页）顾顿刚本是著名学者，但在50年代初期，他就处在这样一种恐惧中。他虽然尽量表态，尽可能按新时代的要求来批判自己，但在内心深处，他还是难认同的。他在一封信中说：“本年三反、五反、思想改造三种运动，刚无不参预，而皆未真有所会悟。所以然者，每一运动皆过于紧张迫促，无从容思考之余地。刚以前作《〈古史辨〉自序》，是任北大助教6年，慢慢读、慢慢想而得到的。因为有些内容，所以发生了廿余年的影响。今马列主义之精深博大，超过我《古史辨》工作何限，而工作同志要人一下就搞通，以刚之愚，实不知其为。……若不经渐悟之阶段而要人顿悟，所谓‘放下屠刀立地成佛’，此实欺人之语耳。”（同上347页）

顾颉刚在50年代的表现，其实只是外在的，在内心里，他也知道自己的所作所为是不得已而为之。这可以从他和童书业与杨向奎之间的一件事情看出。

童书业原是一个没有学历的人，曾在浙江图书馆做校对员，但童书业喜好读书研究。1934年，他写了一篇评顾颉刚《尚书研究讲义》的短文，发表在《浙江图书馆馆刊》上，并寄了一份给顾颉刚，后顾颉刚因省亲到杭州去，便去找他。第二年又邀请他到禹贡学会给自己当助手，从此开始了自己的研究工作，并且做出了很大成绩。而杨向奎是北大历史系的学生，曾帮助顾颉刚查《道藏》，并续完顾颉刚的《中国上古史讲义》，这部分文章，曾被顾颉刚收入《古史辨》第7册中。可以说，顾颉刚对杨向奎和童书业均有知遇之恩。然而1952年童书业在《文史哲》上发表《古文辨派的阶级本质》，杨向奎发表《古史辨派的学术思想批判》；对此二文，顾颉刚在日记中说“均给予无情之打击”（同上，346页）。但顾颉刚对童书业和杨向奎的做法并未责怪。1954年王树民对童杨二文表示“窃未敢以之为然”。对此顾颉刚的看法是：“此是渠等应付思想改造时之自我批判耳。以彼辈与《古史辨》之关系太深，故不得不做过情之打击。苟我之学术工作已不足存于今之世，胡近来二君又为《文史哲》向我索稿乎？故其为否定之批判，是可以原谅者也。”（同上352页）既然顾颉刚可以这样看待学生对自己的批判，那么同样道理，他对胡适的批判不也是出于同样的心理吗？正是由于自己有这样的心理，才能理解学生的心理，当时胡适留在大陆的朋友很少不写文章批判他的，大概也都有同样的心理。《胡适之先生年谱长编初稿》中只有两处提到顾颉刚，都是叙旧时提起，可见对他当年的批判，胡适根本也未放在心上。

整个50年代，顾颉刚基本没有什么好心情。他在日记中说：“到京8年，历史所如此不能相容，而现在制度下又无法转职，苦闷已极。”（同上370页）到了“文革”，顾颉刚作为反动学术权威，戴高帽，受批判，每天到历史所劳动，一直持续到70年代初才得以解脱，和他同时代的学者比较起来，顾颉刚的后半生基本还在做学术工作，终是幸事。