陈寅恪、胡适和陈垣私谊很好。《陈垣来往书信集》中收有胡适的信17通，陈寅恪的信19通，可见交往的频繁（陈智超编注，上海古籍出版社），陈垣的两本名著《元西域人华化考》、《明季滇黔佛教考》均是陈寅恪作的序。1949年，胡适和陈寅恪同机离开北平。由于二陈一胡为当时中国史学界的重要人物，他们都在南京政府抢运计划的名单上。这3个史学大师，从这一年开始分手，各自走了3条不同的道路。胡适先飞美后赴台，陈寅恪客居广州，辞不赴京。只有陈垣能顺应潮流，继续做辅仁大学的校长，一直做到院系调整以后的北师大。
1948年12月13日，胡适还在给陈垣的信中谈论与《水经注》有关的问题。从信中可以看出两位学者的交情。胡适在信的末尾写下这样的话：“今夜写此短信，中间被电话打断六次之多，将来不知何时才有从容治学的福气。”（《陈垣来往书信集》191页）3个月后，1949年4月29日，陈垣在《人民日报》上发表了标志他一生重大转变的《给胡适之先生一封公开信》，虽然信的语气尚不激烈，但却意味着这两个朋友之间的友谊结束了，同时也意味着他和陈寅恪的友谊也划上了句号。他在信中说：“在北平解放的前夕，南京政府三番两次的用飞机来接，我想虽然你和寅恪先生已经走了……”当时的陈垣“亲眼看到人民在自由的生活着、青年学生们自由学习着、教授们自由的研究着”。关于陈垣给胡适的这封信，我们至今未见手迹。胡适见到这封信后，写有《跋陈垣给胡适一封公开信》，心平气和地谈了他的感想，他认为这封信不是出自陈垣手笔（胡颂平编《胡适之先生年谱长编初稿》第6册，2122～2133页，台湾联经版）。不管怎么说，陈垣从此转变了，以后他每做文章，几乎都要否定自己的过去，说自己以前“所讲所学皆井蛙夏虫之见”（陈智超《陈垣传略》见《中国现代社会科学家传略》第一辑206页，山西人民出版社）。1959年1月，他光荣加入中国共产党，他激动地说：“一方面感到闻道太晚，在先进的人们，先进的知识分子早已为人民革命事业不屈不挠英勇奋斗的时候，而我过去却一直对这样伟大事业毫无认识，未能参加到革命的行列，实觉愧对人民。另一方面，我也庆幸和感谢党多年以来的关怀与培养，党用共产主义世界观教育了我，使我能在垂暮之年，获得新的政治生命，因此我感到光荣。”（同上）对陈垣的转变，陆键东在《陈寅恪的最后二十年》中有这样的评价：“陈垣思想的巨大转变是一个典型，它映照出时代铺天盖地的潮流。北京的人们相信，在这股洪流面前没有人能置身于外。”（该书118页，三联版）
陈垣是转变了，从他前半生经历中，我们推不出他要转变的必然结果，但他的转变又是一个既存的现实。我们对他的转变不必过分苛求，但也须保留一点怀疑的态度。当时陈垣69岁，尽管许多资料说他转变之后，如何学习毛泽东的书和马列主义，但有一个基本的事实不容回避，就是一个年过古稀的人，在多大程度上能立刻重新接受一种新的思想？如果说能接受，那么这与一个人的生理和心理状况均不相符，陈垣的学术研究，走的是朴学一路，与政治无关，但谁选中了这个本与政治无关的人，让他成为旧学者在新时代里转变的典型呢？在日后的几乎每一次政治运动中，陈垣都有积极的表现。他曾写过一篇《思想改造在辅仁大学》的文章，将自己终身服务的大学说得一无是处，说自己：“长期为帝国主义服务，思想模糊，敌我不分……”（见《文教工作者的思想改造问题》上册，人间书屋1952年）
如果按照当时的逻辑，经过思想改造运动之后，作为旧学者的典型，陈垣迎来了他自己的新时代，从治学方法上，他找到了新的东西，从思想境界上，他找到了马列主义，他是学者，应该从此在学术上达到一个超越过去的新水平，虽然他已是一个老人，但他还没有失去学术能力，他应该多为人们留下一些学术成果，但遗憾的是，在他晚年的学术生涯中，我们见到的多是这样的文章：《斥奥斯汀侮辱中国人民》、《加强政治课程和时事学习》、《我在三反运动中的思想体会和检讨》、《遵循着斯大林同志的遗志继续前进》等等，陈智超说：“解放以来，他还写作了二十多篇学术论文。”（同上）陈垣过去的学术特点是以写专著见长的，但后来却没写一部专书，而应景的文章，要几倍于这“二十多篇学术论文。”（刘乃和《陈垣同志已刊论著目录系年》，《励耘书屋问学记》，三联版1992年）是陈垣年龄太大了吗？从他的健康状况看，似乎不是。令人感慨的是40后代末就几乎双目失明的陈寅恪，始终保持了自己的独立性，不仅没转变，还完成了《元白诗笺证稿》、《论再生缘》和3大卷的《柳如是别传》，“至文化大革命之难起，他至少完成了十几篇文章，两本专著，以及《寒柳堂记梦未定稿》。盲目衰翁有此成绩，殊可惊叹。”（汪荣祖《陈寅恪评传》第166页，百花洲文艺出版社）陈寅恪虽然小陈垣10岁，但当时的身体状况也不好。陈垣似乎适应了时代，但再没留下了什么传世之作，而坚持了“独立之精神，自由之思想”的陈寅恪，却为后世留下了丰富的学术遗产，陈垣的遗憾是时代造成的，但个人应当承担多少责任，后人又该从这遗憾中得到些什么启示呢？我所见陈垣的资料不是很多，但从一本《陈垣来往书信集》中，我能略窥他的个性，该书紧排着收有1935年戴传贤和汪兆铭给陈垣的两封信。从信中得知，戴传贤复信是陈垣将他的《元西域人华化考》寄给他后的感谢信，当时戴传贤是考试院院长。汪兆铭的信也是陈垣寄赠《史讳举例》、《元西域人华化考》后的复信，当时汪兆铭是行政院院长（见该书624、625页）。从这信中，至少可以感到陈垣是喜欢和政界要人来往的，这种个性，在他最终的转变中，可能也起了作用。史学界对二陈的评价是：陈寅恪重志节而陈垣识时务，因此二人的命运也就截然不同。