在中途岛和瓜达尔卡纳尔的作战失败，战局进一步恶化后，东条内阁的战争指导体制开始大大地动摇了。在瓜达尔卡纳尔作战败势已明的1942年（昭和17年）12月下旬，陆海两军作战课的幕僚们发生了激烈的争执。

“没有弹药和粮食，战争怎么可能取胜？海军麻痹大意给了敌人可乘之机，连累了陆军，这才是败局的起因。”“陆军第二师团把兵力投入到那样的密林中，这难道不是导致失败的原因吗？”

不能及时作出撤退的判断，要导致更多的人被饿死，这是无可争辩的事实。而陆海军双方在瓜达尔卡纳尔的战败问题上，却企图把责任推给对方。

本来，海军的战略是以对美战争为主轴，而陆军则将主力布置在中国大陆，重视对重庆的蒋介石政权进行攻击，两军在基本战略上的分歧是不能否认的。

阿图岛“玉碎”后，昭和天皇曾向侍从武官长表示忧虑说:“陆海军之间果真能够推心置腹地进行磋商吗？”

美军的陆海军之间并不是不存在对立，但是，在陆海两军参谋机构的上层有参谋长联席会议，最后是由陆海军最高司令官即总统作出判断。日本是由参谋本部和军令部分别制订各自的作战计划进行指导。大本营虽然对陆海两军进行协调，但在很多情况下仍无法消除对立。结果，“当两军无法通过协商达成一致意见时，只有天皇才能够作出最后裁断。然而，天皇对各个具体问题并不主动积极地行使指挥、调整权……实际上，陆海军在作战上的配合以及开展统一作战都是极为困难的。”（户部良一等，《失败的本质》，中公文库）

而且，根据明治宪法，有关作战、用兵的“统帅”是与政府组织独立的。作为“统帅”机关的参谋本部和军令部，没有让首相以及政府方面参与用兵和作战。

军令部甚至对东条首相也隐瞒了中途岛海战的实际情况。直到一个多月以后，东条才得到中途岛海战失败的消息。

统帅权的独立也使参谋们越来越嚣张。1942年12月6日深夜，参谋本部的作战部部长田中新一在首相官邸直接向首相兼陆军大臣东条要求加征夺回瓜达尔卡纳尔所需要的船舶。当东条不同意此要求时，田中竟冲着首相大声怒骂“浑账！”

由于美军采取“跳岛战术”，使日军始终处于守势，东条对这样的战局深感焦虑。1943年9月推出的“绝对国防圈”1943年9月在御前会议上决定的作战指导方针，在进行战争中必须绝对确保的区域。规定此区域“包括千岛、小笠原、内南洋（中、西部）、西部新几内亚、巽他、缅甸”。内南洋指赤道以北的南洋群岛。构想，就有将被扩大的战线缩小，为进行反击而充实战力的目的。但在对此的解释上，陆海军之间也出现了分歧。

1944年（昭和19年）2月，东条作出了撤销杉山参谋总长之职务而自己兼任之举。东条已经对“统帅”战而无胜又不传达情报，积累了严重的不信任。杉山拉出德国的希特勒作为例子进行反对，指责东条将政务和统帅混为一谈，妨碍统帅。但是，东条厉言反驳道:“不要把我和希特勒相提并论，他是士兵出身，我可是大将，知道该怎么做。”

陆军大臣兼任执掌统帅责任的参谋总长，这是违反建军以来的规则的。对此，天皇也询问木户幸一内大臣“这不违反统帅权独立的宪法章程吗？”要求重新予以考虑。东条甚至还想让海军大臣嶋田繁一郎也兼任军令部总长。

最后，东条的尝试没有成功。曾任参谋本部作战课课长的服部卓四郎战后总结道:“比起其有利之处，过大的权力和事务集中在同一个人身上造成的弊害（多疑和不满、嫉妒和压抑感、措施的无序和不完备）要多得多。”（《大东亚战争全史》，原书房）

战后，东条曾向原外相重光葵谈起对日本战败的感想，他认为“根本原因是没有统一管理。应该掌握一国之命运的总理大臣却无权参与军队的统制这样的国体，不可能赢得战争的胜利”。