1940年（昭和15年）9月，山本五十六在回答近卫文麿关于日美战争前景的质询时曾这样说:“如果一定要打，在开始的半年或一年的时间里，会非常大胆地打给你看。但是如果拖上两三年，就完全没有把握。”他向近卫要求回避日美战争。夏威夷作战决定通过后，1941年10月24日在写给海军大臣嶋田繁太郎的信函中，山本这样写道:“无论如何靠一般的作战是没有希望的，最终恐怕不得不采用强攻、奇袭和突然包抄多种战术并用的打法。”

攻击珍珠港后的1942年4月，海军司令部曾强烈反对联合舰队司令部的中途岛作战。但是经过激烈的争论后，渡边安次参谋说:“山本长官表示如果这个方案不能通过，就辞去联合舰队司令长官一职。”最后决定事态的不是纯粹从战略角度作出的分析，而是渡边的这番话。军令部作战部部长福留繁表示:“既然长官都这样说了，就听他的决定吧”，伊藤整一次长也表示了同意。

山本对美国的国力十分了解，一贯持短期决战的观点，无论是攻击珍珠港，还是攻击中途岛，其目的都是为了歼灭敌人舰队，使其丧失战斗意志而开始媾和。

然而，山本却没有作出努力使军令部和舰队干部理解自己的想法。原大本营参谋吉田俊雄在其著书中写道:山本认为“就是说了也没人理解，被误解了的话反而更麻烦”。攻击中途岛本来是为了引蛇出洞歼灭敌人的机动部队，但在作战命令中，却突出了对岛屿的攻占。山本及其幕僚的自信和乐观使他们竟然容忍了这种作战命令与作战目的不一致，结果导致了失败。

隐瞒失败，不追究责任

中途岛海战以日军的巨大牺牲而告终。但是海军却没有明确导致失败的责任所在，也没有学到任何教训。

丧失4艘航空母舰，作战中止──接到此通报的军令部考虑到对海军和国民士气的影响，采取了对实情秘而不宣的方针。1942年（昭和17年）6月11日的《读卖新闻》晨报登载了大本营海军部公布的战况，“东太平洋上展开了令人感动的壮烈激战，强攻中途岛，击沉两艘航空母舰”，报告了完全不符合事实的战果。

与此同时，军令部竭力防止“真相”泄露，向参加作战的人员发出了言论钳制命令，并且对阅览和散发有关电报进行限制。军令部作战部部长福留繁回忆说:“因为损失过于惨重，不得不那样公布，不过现在来看，隐瞒得太过分了，有失妥当。”

然而，这样的虚报不仅误导了对战局的认识，而且产生了兵器生产部门没人理解“增产海军飞机的迫切要求”（战史丛书《海军航空概史》）这样的弊病。而最大的问题则是模糊了联合舰队司令部的责任所在。到最后，机动部队参谋长草鹿龙之介和南云长官以及其他人，谁都没有受到任何处分。

1942年6月10日，山本司令长官在旗舰“大和”号的舰桥上面对参谋们说:“不要责怪南云和草鹿。战败的责任在我。”据说来到“大和”号上的草鹿向山本恳求说:“尽管导致了严重失策，但在复仇之念的驱使下还是回来了。请务必再给我一次上前线的机会……”（龟井宏，《中途岛战记》，光人社）

关于没有追究失败原因的问题，联合舰队首席参谋黑岛回忆说:“是因为如果追究起来会问题百出，大家已经充分反省，认识到了错误，所以认为事到如今没有必要像鞭尸一样地追究责任。”

在中途岛海战中担任驱逐舰“夕立”号水雷长的中村悌次（战后任海上自卫队幕僚长）说:“正因为打了败仗，才必须研究其教训。但是由于责任涉及山本长官和联合舰队的参谋，所以才捂盖子不予追究的。”珍珠港遭到奇袭后，美国海军设置了调查委员会，追究太平洋舰队司令金梅尔的责任，并罢免了其职务，这与日本海军的做法形成了鲜明的对照。

另一方面，丧失了4艘主力航空母舰和大约285架舰载机的海军为建造航空母舰和飞机而急红了眼。

6月30日，作为善后措施，军令部提出了如下的航空优先的计划方案:

•紧急并且空前地增加航空兵力；

•急速增加航空母舰；

•将大和型战舰的第三号舰（“信浓”号）改装成航空母舰。

但是，由于忽视战争教训的研究，没能够想出办法克服在中途岛海战中已被证实的航空母舰的脆弱性。

与此相反，美国海军则以珍珠港攻击和马来海域海战为教训，编成了以航空母舰为主的舰队，在中途岛海战中采取了在航空母舰周围配置众多的巡洋舰和驱逐舰，形成环形护卫等彻底进行防空支援的战术。1943年以后，还将舰载机换成了先进的格鲁曼F6F型，设计出坚固的防御系统来保卫航空母舰。

而且，在海战一年后的1943年夏季，美国海军将珍珠港被攻击后建造的6艘“埃塞克斯”级正规航空母舰和巡洋舰改造的9艘小型航空母舰编入了太平洋舰队。

另一方面，日本海军在中途岛海战后新建造的航空母舰，几乎都是由商船改造的小型航空母舰。在战争结束以前也建造了“云龙”等3艘正规航空母舰，但却没有1艘航空母舰能够参加战斗。

另外，联合舰队在中途岛之战中真正丧失的是“拥有几乎百发百中的精锐技术的飞行员”。一瞬之间失去了许多在困难丛生的作战中不可缺少的优秀人才，这才是决定性的事实。军令部作战课课长富冈定俊曾懊悔地说:“这是致命的失败……比什么都重要的是人和他们的技术。”联合舰队已经无法夺回制空、制海权，不再是美国海军的对手。

1943年6月，海军侍从武官城英一郎大佐向航空本部总务部部长大西泷治郎建议，组建“特种航空队”这种以自杀方式冲撞攻击目标的部队。海军内部面对膨胀起来的美国海军的巨大战力，开始提倡“特攻”战术了。

此后，联合舰队一战即败，1944年10月，在莱特海域海战前就任第一航空舰队司令长官的大西发出了以飞机进行自杀攻击的命令，虽然连他自己都曾把这种方法评价为“统率的歪门邪道”。