这次冯来代任，又由于同样的原因，就舍掉了居仁堂而选定了春耦斋在短暂的张勋复辟这一闹剧以后不久，由于黎元洪已被迫逃离了总统府，冯国璋就于1917年（民国6年）7月在南京发出了虞电，宣布代行大总统的职权。同时，北方的政局也因此而逐渐地稳定下来。接着，靳云鹏奉总理段祺瑞的命令来到南京，迎接冯代总统北上就职。
对于北上这样一个重大问题，冯左右的一些人意见不同，大致可以分为两派：一派是赞成冯北上就职；另一派是不赞成冯北上就职。赞成的一派当中，又有着两种说法：一种是广义的说法，那就是，黎既不肯复职，如果冯长期地在南京代行下去，不但影响着国际上的观感，而且也妨碍着政令上的推行，就以代理大总统的责任来说，也是说不过去的；另外一种是狭义的说法，那就是：“我们好不容易盼得有这么一天，现在我们要捧着老头去当大总统了，这个机会，怎么可以错过那！”因此，以张调辰为首的冯的一些人是极力怂恿冯北上就职的。至于持有相反意见的那一派，便是以师景云和恽宝惠为首的一些人了，恽宝惠曾在冯的面前，说过下面的一些话：“做总统，要像袁大总统那样，才能做得好。像那黎大总统，由于他手里没有实权，所以就让人给端下来了。古人说得好，‘猛虎在山，藜藿不采’，不要看总统（指冯）在这儿威震八方，可是，一到了北京，人家处处拿法律限制你，就什么事也办不通啦！所以，最好是总统还依然留在南京，由总理在北京处理政务，那么，可进可退，也就可以永远立于不败之地。”就这样，赞成的和不赞成的这两派人便经常地在冯的面前发表着各自的见解，这就很自然地使得冯本人对于这个问题的态度，在靳云鹏刚刚到来的时刻里，还是表现得摇摆不定。虽是这样，冯还是在西花园里好好招待着靳云鹏，也还经常踱到那里与靳周旋。
冯最后还是心动了，决定“择日北上就职”。在他作出了这个决定以后，便和靳商量起他北上的先决条件来。冯当时向段所提出的条件一共有三个：一个是，国务院秘书长的人选，除了徐树铮以外，任何人都可以同意；另一个是，冯的江苏督军的遗缺，由江西督军李纯调任，李的遗缺由陈光远继任；最后一个是，任命张调辰为崇文门监督，张季熠为两淮盐运使。这些个条件，段在回电里都一一承认了。紧接着，李纯所派的代表——齐燮元就到了南京。齐这次来的任务，一方面是接受李调任的命令，另一方面还商定了冯所用的江苏督署的原有人员，李调任以后，一概不动。但是，实际的情况却是，除了参谋长师景云还帮了李纯一个时期以外，其他和冯有关的一些高级职员，都在冯离开了南京以后，陆续地前往北京去了。
冯国璋于1917年7月底坐着专车离开南京，前往北京。他当时的随行人员，除了卫队以外，只有秘书长恽宝惠和秘书刘宗燮等不多的一些人。这个专车的规模，甚为可观，它有两个机车在前后牵引着，并且还由津浦铁路局的机务处长蔡国器亲自在机车上指挥行驶，它平稳地把冯代总统这些人安全地送到了北京。
冯到了北京，就和手下径直来到了总统府。他在中南海内所选定的办公地点是春耦斋的东间。原来袁世凯的办公地点是在居仁堂的东间。等到黎元洪继任以后，由于他认为那间屋子对总统不利，所以就改在了居仁堂的西间。这次冯来代任，又由于同样的原因，就舍掉了居仁堂而选定了春耦斋。从此，总统府和国务院这两个最高行政机构，就在冯、段两人的直接领导下开始运行。
冯、段是北洋兄弟，两人之间这时居然也出现了政争，这是一般人所意料不到的。当时，那些和“北洋”有关的人都认为：冯、段不但是结义兄弟（他们和王士珍是在“天津武备学堂”时期结成了义兄弟的），并且同学同事了很长一个时期，最后又同时成为北洋派的两个支柱。因此，他们现在既然有机会能在北京的政治舞台上重聚一堂，那么为了“北洋”的大局，似乎黎、段之间的府院之争，在冯、段这两人的身上不至于再重演。可是，就在冯代理大总统以后不久，便爆发了第二次的府院之争。并且这一次的政争，还几乎贯穿在冯的整个在职期间。当时的国务院秘书长张志潭一定要在每天的下午4时到总统府来盖印。他来了以后，还一定要先到总统府秘书长那里把那写由总理和有关总长已经副署好了的一些命令拿给总统府秘书长看，然后再由府秘书长陪着他一同到春耦斋请总统盖印。自从冯、段失和以后，段既很少再到总统府来见冯，在沟通府院意见的很多问题上，就要靠张志潭在这盖印的时候传达解决。
由于冯、段之间的意见分歧而引起的第二次府院之争，主要原因在于冯是主张和平统一，段是主张武力统一的。可是，段的武力统一政策，却由于傅良佐仓皇地逃离了省会长沙而受到了挫折。这就引起了对傅良佐的惩办问题：冯是主张从严惩办的，可是段却不同意这么做。因此，有一天，张志潭就在盖印的时候，转述段的意思说，段由于用人不当，准备“引咎辞职”。奇怪的是，冯听了以后，只是简简单单地回答了一个“噢”字，却没有丝毫慰留的表示。更加奇怪的是，又过了三五天，张又来盖印了，冯竟然问出了这么一句：“总理还不辞职吗？”恽宝惠当时坐在一旁，一方面觉察到冯的这一问实在有些冒昧，另一方面也感觉到张对这一问也实在难于作答。不料，张却神情严肃地回答着说：“辞呈就上来！”段在这时是否真的已经写好了辞呈，还是张由于自己处在了那样的境地里，不能不来了个临机应变，不得而知。这样，由于段的辞职，冯、段之间的第二次府院之争算是暂时告一段落。
平心而论，冯的那一问是有些冒昧的，因为段是一个“责任内阁”的总理，在冯还没有找到继任的人选以前，怎么能够先让这个负着全责的总理就递辞呈呢！但是，他既已准许段先行辞职，就不得不赶忙地做着下一步的工作——找一个继任者。于是，冯国璋坐着汽车亲自出马到史家胡同拜访了陆征祥，当面要求陆出来组阁，但是这个要求被陆拒绝了。接着，冯又请熊希龄和王士珍一同到府里来商谈组阁的问题。最后，冯单独地把王士珍又请到府里来，这次商定了由王以陆军总长的名义兼署国务总理。
就在冯、王商定了由王兼署国务总理的同时，还决定了把恽宝惠调去王士珍内阁任国务院秘书长。这先是由王士珍在春耦斋出来以后，特地去告诉恽宝惠的。接着，冯便派了一个内尉出来传话，把恽宝惠也叫到了春耦斋。冯一见恽的面，就对他说：“老聘已经答应了，他和我说，要你去当国务院的秘书长。我想，这样做对于府院双方都有利，你就去帮帮他吧。”事实上也确是这样，从这以后，府院之间没有发生过任何摩擦，同时，反映着冯的和平统一意志的，也是段内阁所不能接受的“特任谭延闿为湖南省长”的命令，便在恽宝惠第一次单独地去到春耦斋盖印时，看到冯带着满意的神情看过了这道命令以后，很快地也就发表了。此后，冯就在没有内阁方面阻力的情况下，为了和平统一政策的实现，更加频繁地和西南方面进行联系。
不料，正当冯国璋推行着他的和平统一政策时，拥护段的武力统一政策的一些主战派的督军和督军代表们却在天津召开了会议。会议决定：分兵两路，进攻湖南。此后不久，南军为了先发制人，进军攻占了岳州。在这南北战争就要全面爆发的前后，又传来一个惊人的消息：徐树铮正在和奉天的张作霖互相勾结，准备进兵北京，发动政变，这就不但破坏了冯一向所坚持的政策，同时，也威胁了冯的安全。
不久，徐树铮勾结张作霖所搞的截械事件终于爆发了，它的主要目的是为了倒王倒冯，以后，有人曾看到徐树铮生前手拟的密电稿的抄本，徐树铮自己说的也证实了这点。当时，张作霖的部分奉军，也在徐树铮的指挥下陆续开进了关内，并且有一支队伍还径直地开到了京津路线上的廊坊，这就直接地损害了总统和总理的威信，也威胁到他们个人的安全。王向来是一个怕事的人，看到了主战派的人们竟然摆出了这样的阵势，便让人替他拟了一个请假的呈文，他本人却连忙躲到天津去了。冯看了呈文以后，却并没有因为这一突发事件而显露出诧异的神色，只是很自如地在那呈文上面批了几个字，意思是，请假照准，由内务总长钱能训暂行兼代。就这样，奉行武力统一政策的段祺瑞到底在王士珍先是请假、接着就正式辞职的情况下，又被冯请回来复职了。
冯在当时已经屈服于主战派的人们的压力之下，可是，他毕竟还是一个代理大总统，毕竟还不是一个盖印机器，所以，有的时候，他在忍无可忍的情况下，总还不免要发作起来。在段这次复职以后，他所请任命的院秘书长，仍然是以前的张志潭，恽宝惠仍然回到了他的总统府秘书厅的原职。但张志潭到职只有三天，就被徐树铮勒令辞职了。段这时也就只好迁就着既成事实，用了国务院的院令让法制局长方枢兼代着院秘书长的职务。
冯在卸任以前，曾经公开宣布过：他不准备参加下一届大总统的竞选活动。同时，在那被誉为“空前绝后”的场合当中，冯又表现得那么雍容大度。看来，他是自甘退让的了。有一天，张调辰出乎意外地由南京跑来找时任黎元洪总统府秘书的恽宝惠，说是奉着老头（指冯国璋）的命令，让他到北京来联络参、众两院的议员。据说，他已经拜了几天客了。他还对恽宝惠说，准备替老头请客，地点已经定在报子街的同和堂饭庄，等确定好了日子，要恽和他一起代做主人。就这样，恽宝惠就接连不断地代冯请了几天客，也吃了几天丰盛的鱼翅席。根据恽的回忆，国民党人王葆真、张继等人，便是由这次同席才开始认识的。
冯并没有真地放弃竞选活动，例如：当钱能训兼代着国务总理的时候，冯就曾应钱的要求，由恽宝惠经手带给钱中交票5万元的存折，作为竞选活动的费用。但是，由于徐树铮所一贯进行的倒冯活动等原因，恽宝惠在这次活动中失败了。由于恽的失败，也使冯的竞选活动在资金方面受到了一定的限制，冯对这是极其不满的。所以说，冯对于当时的政治舞台，是流连的，只是由于当时的形势所致，使他不能不做出“揖让一堂”的那幕表演。可是，就在那幕剧目表演完了，当新任大总统徐世昌吩咐着仍旧用总统专用的汽车把冯送回到他的帽儿胡同私宅以后，冯还是和随同他一起的幕僚们——张联棼、师景云等人说了下面的几句真心话：“这一回，咱们是栽给芝泉了！歇两天！将来再看咱们的！”可惜的是，在他卸任了刚过一年就因病死去了。否则，以他那“不甘寂寞”的心情，说不定还会大显身手地和段再度演出一幕府院之争哩。