南京大屠杀的事件发生以后，外国一些记者各自向本国的报纸、广播作了诚实的报道，因涉及到一些侨民生命和财产安全，有关国家向日本政府提出了抗议。日本军事最高当局不得不研究对策，外部问题内部处理，用以掩人耳目，达到否认暴行的目的。
首先于12月21日，将会攻南京的诸师团的布置作了调整，命令其他各师团撤出南京城，仅留第16师团，并任命今朝吾为南京地区警备司令官。然而，他就任以后变本加厉，非但没有放弃屠杀俘虏和平民的方针，而且更加严厉地说：“要一个不漏地找出隐藏在城内的散兵，并加以处置。”所谓“散兵”指的就是18至40岁中国的男子。在今朝吾指挥下，屠杀俘虏和平民一直持续到1938年1月，扩大了日本军南京大屠杀的暴行。另一方面，日本军事当局采取措施，控制舆论，封锁消息，严令禁止传出南京大屠杀的实况。并在军中强力实行言论控制令，官兵不得记载、谈论、外传南京大屠杀的情景。涉及到会攻南京，一律用皇军在国外“圣战”加以歌颂，向本国人民隐瞒真相，用以维护日本国和皇军的威信。
然而，不管日本军事当局采取何种严厉措施，控制得又如何严密，但在日本报纸为了夸耀皇军的“战绩”和“圣战”的同时，除美国《生活》杂志把南京大屠杀的情景传入日本本土外，参与南京大屠杀的一些官兵私下记的日记、手记，也有的军官摄下杀害中国人、污辱妇女的照片，无情的记录了日本侵略军的滔天罪行。这些日记、手记都是珍贵的第一手资料，成了那段血腥历史的见证。由于历史不断地向前推移，一些参与大屠杀者灵魂上不安，逐步觉醒，感到要对后代负责；同时另一些人也由于重走军国主义老路，便跳出来为南京大屠杀翻案。而后者又激怒了前者，于是一些有识之士感到不能回避，便拿起了笔写回忆录，或者干脆向社会上发表日记、手记，号召人们提高警觉，决不能重走军国主义老路。最近几年来，一批批很有价值的资料在日本被发现，进一步证明了南京大屠杀的历史事实。
在12月13日那天，不仅下关火车站，各条马路和在江边码头上大批地屠杀了难民，而且在江面上也有成千上万的中国军民遭到日军的屠杀。对于这一情景佐佐木的手记中也有记载——12月13日，无数南京市民和中国士兵准备从即将陷落的南京城渡江逃往江北，在江心里却遭到日本军的扫射，全部死亡。
就这一情景，日本中央公论社特派记者石川达三在《活着的士兵》一书中写道：
挹江门直至最后未遭日本军的攻击。城内的残兵败卒土崩瓦解，通过这个唯一的城门逃到下关码头。面前就是江水，没有一艘可以渡江的船，陆上也没有一条可以逃跑的路。他们抓住桌子、圆木和木板等一切可以漂浮的东西，企图横渡宽阔的长江，逃到对岸——浦口。其人数大约有五万，只见一片黑压压的人群向江对岸游去，简直看不到江水。抵达对岸一看，日本兵已抢先等在那里。机枪声响起来了，好像点点雨水打在江面上。人们要想返回已不可能。日本兵在下关码头已经布下了机枪阵地。对由上而下漂流的残兵败卒，则由驱逐舰给予最后一击。
按照海战法，日本军这样做是一种犯法行为。这里的人数很难断定是几千几万，但可以肯定用桌子、圆木和木板等漂浮工具向对岸浦口泅渡的军民人数很多很多，却被日本军杀害在江面上了。由此也可见侵华日军在南京大屠杀中的残忍性，决不放走想逃出南京的一个中国人。
日本军杀害了如此众多的中国人，被杀者到底是军还是民呢?
前面提到过第6师团第13联队二等兵赤星义雄在14日那天因公到了下关，曾在那里看到屠杀后留下的实际情景，后来在《扬子江在哭泣》一书中写道：
两千米，不，也许还要宽一些，在这宽阔和江面上，漂流着数不清的尸体。一望无际，满眼皆是尸体。江边如此，江心也是如此。那不是士兵，而是老百姓的尸体，其中有成人，也有儿童，男男女女全都漂浮在江面上。尸体像“木排”那样，缓缓地漂流着。朝上游看去，尸“山”接连不断，似乎可以想见，那接连不断的“山”是看不到边的。
看来至少有五万人以上。而且几乎全是老百姓，扬子江的确成了“死尸之江”。
对此，我听说是这样的：
前一天，撤出南京城的几万中国军队和难民从下关码头——距那里八公里左右的上游——出发，企图挤下一艘仅可乘50人左右的渡船，逃向对岸。
在进攻南京城的战斗最为激烈的情况下，日本海军军舰装载大炮和机枪溯扬子江而上，伏击撤退的军队和难民。猛烈的枪炮射击，发出了震天动地的巨响。渡船直接中弹，被打得稀巴烂，全部沉没。
我听到这些话，当时心中就想：“为什么连对毫不相关的人也……”我觉得这不正是“南京大屠杀”的实际情况吗”（《扬子江在哭泣——熊本第6师团出兵大陆的记录》第28至30页）
守卫幕府山和下关的是78军宋希濂部队，撤退准备工作做得比较充分，又占地理有利条件，命令撤退后夜间迅速放弃阵地，很快登船抢渡，未留下任何战斗部队。因而日本军进抵下关时未遇到任何抵抗，也就谈不上“攻击相当猛烈”之说了。马路上躺着的是难民的尸体，其中可能夹杂一些中国兵的尸体。但那是少数，大部分还是难民的尸体。其实他讲的几万难民遭屠杀，与佐佐木的《进攻南京纪实》和谷寿夫的《军情报告》中所记载的一致。所不同的佐佐木和谷寿夫把难民的尸体说成是“军人的尸体”，由此妄想推卸屠杀难民的罪责。
下关、江边和江中到底有多少具中国军民的尸体，恐怕谁也说不清楚，其最主要的原因是日本军有计划地推行的是恐怖政策，屠杀与销尸灭迹同步进行；另一方面进行严密封锁，绝对禁止外国记者观察现场，及时采访报道；而事后日本军事当局又加抵赖。但是大屠杀事件发生了，总会有一些幸存者会揭发日本军的罪恶事实；同时也总会有身份不同的人观察到现场。
佐佐木元胜16日到达南京，17和18两天曾往返于中山站和下关之间。他在接收了下关中国邮局后，就把野战邮局搬到下关，对当时附近满是尸体的情景描绘如下：
在江岸，残兵败卒遭机枪扫射后，尸体成堆，在马路上、江堤下和江水边，尸体重叠着。任何悲惨的情景也无法与之相比。除此之外，还有多少具被吞没在长江的浊流中随波冲走，不得而知。我曾于关东发生大地震时，看到本所的缘叮呵岸堆积着许多尸体，但与此相比也是微不足道的了。那些夺去了人的生命的枪弹和刺刀，令人毛骨悚然。有的尸体呈半裸状态，有的被浇上煤油焚烧得焦黑。（《野战邮政旗》上册，第222页）
1923年9月1日，日本关东地区发生大地震，死伤及下落不明者15万人，是世界级灾难。佐佐木元胜以关东大地震作比，只说明了下关被日本军屠杀的严重程度和残忍性，但也未说清楚到底被日本军屠杀了多少中国人。其原因在前面已经说过了。不管从哪个角度去说，下关被屠杀的军民是南京大屠杀中的一个组成部分，而且占据份量很重。
田中歪曲事实说：“回想起来，《中国之旅》的内容，均来自中国受害人的揭发，或是一些故事，仅是一些‘传闻’。本多先生和《朝日新闻》根本不想弄清这些残酷故事的真伪，他们即不查证当时的历史记录，也不核对日本方面的证词。”（见《虚构》第9页）
本多胜一先生曾以记者身份到中国访问，采访了许多幸存者和当事人，掌握了南京大屠杀的第一手资料，回国后写的《中国之旅》于1984年《朝日新闻》上连载。该书以鲜明的观点和立场揭露了日本军南京大屠杀的暴行。
冈本健三生于东京，作为士兵参加了南京的攻陷战，亲眼目睹了杀人现场，他说：
有人说未发生过南京大屠杀事件，那是一派胡言。我目睹了屠杀现场，日军占领南京后，由于区别不出良民与游击队，因而就发良民证。我们的部队也每天干起像是盘问之类的事情来。虽然要中国人填写了出生年、月、日，职业、性别，但中国很少有人会写字。我们对不会写字的人作了说明，但他们听不懂我们的话。于是，回答清楚的人就没事，如有人回答得慢腾腾的，前言不搭后语，就被视为行迹可疑的人而加行处置。
我想日本军是在南京机场焚烧了被杀害了中国人的尸体。行迹可疑的人由各部队集中带往飞机场。他们在杂草丛生的草地上，被绳子团团捆住，他们无法逃跑。他们感到莫名其妙而喧嚣起来，喋喋不休。架在飞机库顶上的机枪对准那里哒哒地射击。我认为这种射击是在接到“射击”命令后进行的，是不知不觉地勾动了扳机。由于我们没有杀人的精神准备，因此毫无表情。如果在战斗中命令我们杀人，若不把对方杀掉，则自己有被对方杀掉的危险。可是在那种场合，有点人性的话就不会射击。射击的任务由机枪队执行。我们的部队则驻扎在四周进行监视。
射击开始，有人抢先夺路而逃。即使逃跑，但因为到处都架有机枪，结果也必然被枪杀。当时估计被杀害有四、五百人。事情结束后，日本军把路轨堆起来，上面放着尸体，下面塞着木架，浇上汽油后统统焚烧。……有时我们的部队也被拉出来，我也干过焚烧尸体的工作，一直要干到第二天，干到很晚。被害的人不只是男的，也有妇女和儿童，甚至有不到10岁的儿童。这是不折不扣的屠杀啊!被杀的人是不是游击队，也不清楚。在区别他们是否是良民时，并非什么都是的。由于语言不通，情况不会弄得很清楚。虽说在地狱里与极乐世界相差无几，实际上，是胡言乱语。（引自《参加杭州湾敌前登陆》载《中国》1971年8月号）
通过冈本健三提供的第一手资料，有力地回击了田中对本多胜一的指责。由此我们可以清楚地看出：第一，屠杀是接到上面的命令而进行的；第二，所有日军都参与了屠杀；第三，屠杀是极严格而秘密地进行的；第四，屠杀是有计划、有组织的，统一方法——屠杀后焚尸灭迹；第五，所有被屠杀的都是老百姓，其中有男有女，也有儿童。田中要求本多核对日本方面的资料，日军中将今朝吾的《日记》、少将佐佐木到一的《进攻南京纪实》以及士兵外贺关次、赤星义雄、冈本健三等亲眼所见，都可以作为给田中的回答。关于强奸一事，冈本健三说：“强奸事件也不是谣传。占领南京后不久，情况糟得很。自杭州湾登陆后，军队里就没有女人了。士兵们都是青年……上级说，如果干了那种事就当场把女人杀死。”
冈本健三提供的“奸后杀死妇女”的情况，使我们一下子明白了为什么在南京奸后惨杀妇女的情景。原来日本军先奸后杀也是来自“上级”的命令，这就是根源，是无可争辩的证据。
南京大屠杀中日本军犯有屠杀、强奸、纵火、掠夺四种暴行。而四种暴行中屠杀暴行居于首位，罪恶最大，是定性的暴行。因而也是日本右翼势力集中力量的攻击点。下面我们再从掩埋尸体的数据来证实南京大屠杀。
红十字会南京分会副会长许传音作为检察方面的证人，就该会掩埋被遗弃尸体的情况，在远东国际军事法庭审判时出庭作证说：“红十字会一般掩埋了人们无力进行自费掩埋的尸体，但当时尸体太多了，难以处理。日本军当局却来人说，你们是掩埋尸体的，请帮助我们清除尸体。因为得到日本军的同意，我们获得可以前往市中心的许可证或通行证。于是，为了进行这项工作，我们雇用了二百名工人。”12月16日那天，许传音曾在日本兵的监视下乘汽车观察了南京城内马路上遗弃尸体的情况。可以认定，红十字会掩埋尸体的准备工作便从这一天开始，于12月22日，首次在清凉山后山掩埋了129具尸体。至1938年10月30日在中华门普德寺掩埋62具尸体。（其中女尸13具，孩尸1具），共埋43071具。
除了红十字会南京分会组织掩埋队外，崇善堂也组织了四个队进行掩埋遗弃尸体的工作。该堂单掩埋尸体一项工作有固定工役48人，临时工没有固定数字。从资料中可以看到，该堂于12月26日在五台山首次掩埋了124具尸体，其中女尸22具，孩尸6具。该堂至1938年4月20日止，累计共收埋尸体112，267具，其中女尸2，091具，孩尸813具。
红十字会和崇善堂掩埋尸体数统计表
单位男女孩合计
崇善堂109,3632，091813112,267
红十字会42,942834643,071
总计152,3052,174859155,338
（以上数字以《档案》第424至435页为准）
南京崇善堂成立于清嘉庆二年，是一个历史较长、财产较厚的慈善团体，主要办理恤寡（寡妇）、保婴、施药、施材并辅助妇子女读书及贫民施诊，救济难民食米等事。有董事19人，其中二人为经理董事，主持日常工作。南京沦陷前有田产4处（六合、中华门外、句容、水西门外），约600余亩；此外还有房产19处，租金可观，都用于慈善工作。
南京陷落后，崇善堂部分迁入难民区内，对难民进行救济。并组建“崇字掩埋队”，下设4个分队，各队设主任1人，队员1人，固定工役10人，招收的临时工人时多时少，没有固定的人数。开始收尸时要把尸体从城内清理集中，再运往城外掩埋，进度较慢。第二年春末掩埋转入到城外，尸体又集中，又用大坑就地掩埋，进度大大加快，到5月底，掩埋结束。
崇善堂所组建的4个掩埋队，以队为单位收埋尸体，指定专人每天记录收尸的地点、人数和掩埋，认真负责，手续完备。每队都要填表上报，凭表领取经费。崇善堂本是慈善团体，所有活动都是围绕着救济受难者，从不争名，更不为利。凭良心做事，无虚伪之处。从这种为善的愿望来看，他们所提供掩埋尸体数应当是可靠的。
南京市崇善堂掩埋工作一览表
队别尸数合计
男女孩
第一队27,08565333228,070
第二队20,1084928120,753
第三队35,21231611835,646
第四队26,88663028227,798
总计109，3632,091813112,267
（以上数字引自《档案》第423至424页）
南京市崇善堂呈报《南京市崇善堂掩埋工作一览表》附件
本堂哀悼同胞遍地惨死尸体，特组织崇字掩埋队与红十字会合作，红十字会担任西城掩埋，本堂担任东城掩埋，共立四队，每队主任一人，供伙食，无薪给，队员日给米八合，队员十人，日给米六合。本队戳记于中华民国二十七年十二月三十日。因本堂通行证被伪宪兵搜去未还，其后随宪兵来者翻译等，依仗敌势，百般威吓，顺便劫去衣物甚多，三次搜查，室中如洗，敌人威胁惨辱，已非人所能受，熟知我同胞为其走狗，伤天害理，万甚于敌，迄今回忆，仍胆战心惊也。
多方推测，《南京市崇善堂掩埋工作一览表》及其附件，于1946年2月6日之前向国防部审判战犯军事法庭呈报。因为2月6日审判战犯谷寿夫时，该堂堂长周一渔曾在这一天出庭作证。此表的可靠性有如下几条：
第一，和红十字会掩埋尸体一样，崇善堂掩埋尸体也是经日本军允许，而且在他们严密监视之下进行的。许多事实证明，日本军长期注意各种资料的积累，连我国的文化名胜都不遗漏一点一滴，何况涉及到军事方面的有关情况。他们不可能不掌握埋尸的情况，尤其是埋尸的数据。日本方面决不会允许崇堂埋少报多，夸大“斩尽杀绝”“残兵败卒”的数字。
第二，崇善堂的性质决定了他们掩埋尸体的方针、工作态度和事后该遵守的准则。他们既不涉足社会，捞取政治资本动机；又无向他人乞怜，索取金钱而个人发财的想法，连该团体的收益都拿出来作为社会救济了，根本不会伪造事实，多报埋尸数字。
第三，据说，在埋尸过程中，日本宪兵曾制造口实，没收过“崇善堂掩埋工作一览表”，这表明日本方面已经感触到“一览表”掌握在崇善堂手里对他们的威胁，因而后来三番五次地搜查崇善堂，并将其戳记通行证没收，事实上禁止他们掩埋尸体的活动了。《一览表》是根据藏起来的原始记录制作，其可靠性可想而知。
第四，法庭收到“一览表”后，专人向周一渔宣读了“刑法第168条的法规：主人供前供后具结而为虚伪陈述者，处七年以下徒刑。”可以认为这是检察方面对他进行心理侦察和精神上的威胁。当年周一渔已60岁，大半生从事慈善事业工作，不会不考虑到本身的利害关系。他回答询问人：“据实陈述，并无匿饰增减。”
第五，“一览表”经国防部审判战犯军事法庭检察官查证，调阅了安全区档案，搜集了幸存者的证词和外侨提供的证据，并挖坟起骨核对，由法医仔细检验被日军屠杀的难胞尸骨，然后综合分析，认定了崇善所提供掩埋尸体的数据确实可靠，无须怀疑。
除了红十字会和崇善掩埋尸体外，中国红十字会南京分会也组队掩埋了尸体，具体情况见下表。
中国红十字会南京分会掩埋队按月统计表
月份掩埋尸数其他
1队2队小计1队2队小计
一2,1312，1754，306畜类10
二1,7282，9244，652畜类7畜类11
三2,3441，6363，980马匹26畜类3
四484484
五300300
总计6,9876,73513,722332457匹
附注：在民国二十七年一月六日以前，该会1队在和平门外一带联合乡共埋军民尸体5704具，因非1队单独工作，故未列入上述统计；同时2队在民国二十七年月六日以前已在下关一带掩埋军民尸体3245具，因该时尚未得到日军正式许可，故未列入上述统计。（详见《档案》第440至446页）
中国红十字会南京分会于1938年7月16日，向伪督办南京市政公署（即敌伪南京市政府的前身）呈文备案，因敌我关系不好公开谈及掩埋军民尸体的工作，只得在大谈其会性质和工作内容，顺便提到成立掩埋队一事：
本分会掩埋队自二十六年（1937年)12月间起即在下关沿江及和平门外附近一带从事掩埋工作，总计在此六个月内，共掩埋军民尸体22671具。此项尸体多系掘土掩埋，用棺木者只有数百具。
上述掩埋尸体的数字距结束掩埋工作仅一个多月，又是向敌对当局呈报，从常识讲也不敢虚数多报。所以该会所提供掩埋尸体的数字也应当给予确认。
此外尚有盛世征、昌开运在上新河一带组成义务队，掩埋尸体2873具；芮芳缘、张鸿儒在中华门外花神庙一带组队掩埋尸体7000余具；敌伪南京市长高冠吾在卯山、马群、灵谷寺一带积骨3000余具，造一无主坟墓。上述共掩埋尸骨12873具。
可以肯定上述列举掩埋尸体的数字，当然不是所有被杀害者尸体的总数。还有一些由其他义务团体、亲人、熟人所掩埋的尸体。此外渡江之军民被日本军屠杀的江心里，尸骨被江水冲走，或在陆上被焚尸灭迹，或将尸体填入池塘、河流水中，这个数字也是很大的，是无法一一统计了。最明显的是燕子矶和巴斗山的大屠杀，被屠杀的难民数量很大，却在东京审判时中国检察方面未曾提出。可以看出，中国方面对于被杀害的人数持慎重态度。
在东京审判时，中国方面就日本军分散屠杀155338人向法庭提出了证人、旁证和掩埋尸体数据。有人对崇善堂掩埋尸体数提出了疑问，但只是一些常识性的分析，并无证据，否定不了该堂掩埋尸体的事实，况且本节又以充分的理由作了回答。余下的是红十字会掩埋43071具尸体的论证的问题。
世界红十字会南京分会也是一个慈善团体，所掩埋遗弃尸体，以日记载，分月统计，详细地记载下收尸地点、尸数（分男尸、女尸、孩尸）和埋尸地点。累总时填写《世界红十字会南京分会救授队埋尸班埋葬尸体数统计表》，总数是43071具。这项工作是后做的，因为当时不允许公开这一类数字。这些尸体是1937年12月26日至1939年5月1日之间所掩埋，该“统计表”被检察方面列为证据向远东国际军事法庭提出，而作为世界红十字会南京分会副会长许传音曾以检察方面的证人出庭作证时说：
我们立即掩埋了这些尸体。这些尸体实际上有四万三千具，但这是过低的估计。我们无法明确说出实际数字到底有多少。因为当时不容发表正确数字。起初，我们未敢提出这个数字并写在公开的文件中。于是我们将此记在私自的文件中。这个数字是我们掩埋的尸体数。这些尸体都是中国普通老百姓，其中没有一个中国兵。我们与军人毫无关系。（《记录》35号，载前引书1第30页）
许传音出庭作证时列举了详细数字，而且从日本方面的资料中得到证实。例如在“统计表”中说“三月以前在城里收尸运往城外掩埋的尸体为1,793具，而在城外收埋尸体数为36985具”。当然这是确切的掩埋尸体数。日方的《大阪朝日新闻》：华北版曾报道南京被日本军屠杀后留下的遗弃尸体情况。标题是《南京通讯，第五章卫生之卷》，这段消息中还有另一个标题，即《工作是整理尸体，控制瘟疫蔓延，防疫委员也四出活动》。它后来成为南京大屠杀的资料之一：
经战斗后，南京首先必须整理的是遗弃的敌人尸体。不知有几万具尸体埋在壕沟里和小河中。尸体堆积如山，如让其遗弃在那里，就卫生和安定人心而言都有严重危害性。
于是红十字会、自治委员会和日本山妙法寺所属的僧侣们携手合作，着手进行处理。他们把腐烂的尸体装上卡车，同时口念“南无妙法莲华经”，将尸体掩埋在一定地方，但花费了相当的物力和人力。他们忍受着令人厌恶的臭气，日复一日地持续进行收尸掩埋工作。到最近为止，已在城内处理了1793具，在城外处理了30311具。约花费用一万一千元，出动了苦力五、六万人（注：原文如此）。但在城外，山后还留着很多尸体，而且支出八千元左右，准备在盛夏来到前结束尸体的处理工作。（引自《大屠杀》第192页）
许传音的证词中“在1939年3月以前，城内收尸1793具”与《大阪朝日新闻》的“华北版”完全一致，而“在城外掩埋尸体36985具”与该报“华北版”多出6674具。这表面看来似乎是夸大的数字。但仔细研究《南京通讯，第五章卫生之卷》便会得出结论：相差之数的尸体是由南京自治委员会和日本山妙法寺所处理的尸体数，并非是红十字会故意夸大。综观全部，世界红十字会南京分会到1938年5月1日止，共掩埋尸体43071具，证据确凿，不容置疑。因而可以得出结论说：崇善堂和红十字会掩埋尸体155,338具。
关于集体屠杀，根据市临时参议会1946年、1947年对南京大屠杀案的调查，日军在南京集体的控诉案有350起；又据国民政府国防部审判战犯军事法庭1947年查证，集体屠杀有28案，被害人数达19万以上。我们在《铁证如山》中已由幸存者证实，日本方面也有资料记载。同时南京碇泊场司令在5天中处理10万具中国人的尸体，加以作战部队处理5万具尸体，总数为15万具。
南京大屠杀中被杀害的人数到底是多少?当时国民党在日军犯罪调查报告中发表为39万人，也有的认为是50万人。经过论证，认为这两个数字证据不足，而报告中提出屠杀30万，有充分资料作为根据，是正确的结论。解放以后，南京市人民政府对南京大屠杀案多次进行调查，特别是十一届三中全会后成立了史志部门，抽调了专家，除全部重新审阅已有的材料和档案外后，又进行了普遍调查。经过专家论证，肯定被日本侵略军屠杀的受害者在30万以上。
远东国际军事法庭在开庭审判战犯之前，根据中国南京地方法院检察处所提供南京大屠杀的证据，曾派美军上校托马斯�H�莫罗到南京调查、核对、鉴别，认定南京地方法院检察处所提供南京大屠杀的证据真实、可靠，手续符合法律程序，应该给予认定。因此，远东国际军事法庭在判决书中写道：
据后来估计，日本军在占领南京后的最初六个星期的时间里，在南京及其附近被杀害的普通老百姓和俘虏，总数在二十万名以上。这些估计并不夸大，那可以从掩埋队以及其他慈善团体所掩埋的尸骸达十五万五千具这一事实得到证据……这些数字没有把被日本军焚烧后丢弃的、投放扬子江的以及用其他方法处理的许多人在内（《记录》载前引书1，第396页）
上述判决与南京地方法院检察处所提供南京大屠杀被日本军杀害的总人数在30万人以上并不矛盾。须知，红十字会南京分会和崇善堂共掩埋尸体155,338具，加以其他慈善团体掩埋的尸体数已近20万。如果包括碇泊场司令部和日军作战部队所处理的尸体数，总数超过了30万。
日本政府至今还不承认南京大屠杀中被杀害者是30万人以上，只是含糊其词地说“与事实有较大的差异”。“差异”到底有多大?日本方面没有说出具体数字。我们认为日本方面肯定保存着南京大屠杀的资料，否则他们不可能公开强调“差异”。
第一，日本军方对南京大屠杀事件必有记载。华中方面军攻陷南京后除公开发表战报外，内部肯定有“误伤”市民的记载，此点是根据松井石根在举行入城仪式后接着又在明故宫机场举行“忠灵祭”，领们说：“你们艰苦战斗，振我皇威，可惜部分士兵之暴行，使皇威一举扫地。”可见暴行程度之严重，军中不可能没有记载，尽管是大大缩小的事实，但不可能只字不提。
其次，当时任外务省东亚局长石射猪太郎证实参谋本部曾派本间少将到南京制止日本军的暴行。松井石根在接受远东国际军事审判时，对向他提出的反问所作的陈述是，本间陆军少将受参谋本部的派遣，于一月下旬前往他在上海的司令部。说是东京当局看到了关于在华日本兵暴行的有关报告，非常遗憾。就此事石射猪太郎在远东军事法庭审判时作证说：“记得是在1938年2月底左右，陆军中央特别派人前往当地的军队。后来知道派的是本间少将。从此以后，南京大屠杀才停止下来。”（引自《大屠杀》第183页）
第三，陆军省肯定收集了南京大屠杀的资料。人们现在都知道，在南京大屠杀事件发生后，屈于一些国家政府的谴责和舆论的压力，陆军中央部对此感到十分狼狈，曾于1938年2月把华中方面军司令官松井石根、上海派遣军司令官朝香宫和第10军参谋长桥本欣五郎为首的约80名参谋军官召回国内，对他们提出了警告，换句话说涉外问题作了内部处理。在这一过程中陆军省必须占有南京大屠杀的资料，否则不可能接受对他们的指责。
第四，南京大屠杀期间，安全区国际委员会不间断地向日本驻华使馆致函，报告日本军在安全区内及其周围的暴行。同时日本各驻外使馆也不可能不收集各所在国政府和舆论对日本的指责。所有这些都会汇集到外务省，一一记载下来。
第五，红十字会和崇善堂等团体掩埋尸体是在日本军允许、监视之下进行的，对于收尸地点、尸数和埋尸地点不可能熟视无睹，不闻不问。我们认为“《大阪朝日新闻》华北版”所报道的存尸、埋尸数肯定来自日本军方。由部分到全部，日本军方和驻华使馆肯定掌握了全部收埋尸体的总数。
第六，日本投降后，外务省和陆海军烧毁了有关中日战争和太平洋战争的资料，同时也相应地指示各下属驻外机构销毁同样性质的资料。尽管如此，日本不可能干净、彻底、一纸不存地销毁所有中日战争和太平洋战争的资料。同时，有关人员头脑中“资料”不可能同时被销毁掉了。后来陆续发表的有关南京大屠杀的回忆录便是最好的证据。
如此看来，日本手中肯定掌握了有关南京大屠杀的关键资料，而且举足轻重，是很有份量的资料。这种可能有以下几种情况和心理：
一、该资料屠杀的人数在34万以上，屠杀的计划和手段完备，永远也不敢公布出来。公布了，无疑将不打自招，对以往的抵赖感到有愧，有损日本国格和政要的人格，对不起国民，必将招来众多的斥责。
二、该资料中屠杀的人数正是30万以上，一经公布将对号入座，成了中国资料最有力的旁证，被迫公开道歉，往后再无推诿的余地。索性不予公布，可以一直扯皮下去，谅你中国也怎么不了日本。
三、该资料中屠杀人数虽有某些差异，但出入不大，最致命的一点是公布出来，偕差异之数也否定不了南京大屠杀的定论，因而认定不如不公布为好。
四、日本不公布他们所掌握的南京大屠杀资料，考虑的是内外因素：一是担心在国民面前丢脸，失去人民的支持；二是担心被中国抓住把柄，往后和日本打交道时态度强硬起来；三是存在翻案心理，为复活军国主义扫除障碍。
我们明确指出，日本方面考虑错了。不要以为南京大屠杀的定性仅仅在日本军屠杀了多少多少中国的平民百姓。当然，屠杀人数是主要因素，而不是一切因素。日本军在南京大屠杀中犯有屠杀、强奸、纵火和掠夺四种罪行。屠杀仅是其中之一，是主要的。南京大屠杀的定性还要考虑到大屠杀是有计划有组织进行的，在于屠杀平民百姓的方针，还在于其手段残忍和在世界上所造成的恶劣影响。这就是南京大屠杀定性的全部因素，至于翻案，那是幻想。已经到了21世纪初，还想走日本军国主义老路，也不是一小撮野心家说了算的。
我们说日本方面想翻掉南京大屠杀铁案是幻想，异想天开，是因为中国尚有1700多名幸存者健在，且有旁证，包括日军参加攻陷南京的官兵提供的第一手资料。
1991年在德意志联邦共和国档案馆波茨坦分馆中发现了实地记录南京大屠杀的一份珍贵资料，该资料记载着：1937年12月13日，日军侵占南京后，在侵华日军华中方面军司令官松井石根和第6师团师团长谷寿夫的授意下，在南京城及其周围地区制造了骇人听闻、震惊世界的南京大屠杀，大批放下武器的俘虏和平民惨遭屠杀。
这份长达190页的档案材料，是由当时留守在南京的德国外交官罗森、安全区国际委员会主席雷伯（西门子公司）、英国记者史密斯和美国牧师马吉根据他们耳闻目睹的情况记录下来，真实可靠，并无夸张之处。
德国驻华使馆迁去汉口时，陶德曼大使派出该馆政务秘书罗森留守南京，收集多方面的情报，特别是中日双方政治和军事情报，并及时向汉口方面报告。推测，波茨坦档案分馆所保存的有关南京大屠杀的资料很可能都来自罗森的报告。他在1938年1月20日的一份报告中说：在南京附近的英国“蜜蜂”号炮舰上，日军海军少将宾藤对英国海军上将特说：在南京附近的江心岛上，还有3万名中国士兵“待清理”。罗森说，所谓’待清理”就是把“这些已失去抵抗能力的中国士兵杀掉”。该报告中还说道：“1937年12月16日，南京上海路聚集了许多中国妇女，她们央求日本兵饶了自己的丈夫和儿子的性命，结果几千名中国平民还是被拉到下关，用机枪扫射，刺刀挑或手榴弹给杀死了。”罗森在1938年3月4日的报告中写道：直到1938年3月4日，在南京下关附近的扬子江江面上还漂浮着大屠杀后留下的3万具尸体。”
关于日本军从难民区里抓走大批难民押到下关集体屠杀，前面已经论证过了。罗森的报告可以相互应证，又是一个铁证。
日本军残忍成性，屠杀中国平民和已放下武器的中国士兵遍及城里城外，到处都有。英国记者史密斯在他关于1937年12月9日至15日南京战况报道中写道；在南京城北门前有一大片一米多厚被日军集体屠杀的中国士兵和平民的尸体。12月15日他由南京去上海登船之前，在港口附近的一片空地上看到几千名被捆绑起来的中国人。日本人对他们一批一批用机枪扫射死，史密斯写道：“被绑起来的中国人，在被枪杀之前必须跪下，然后后脑勺挨一枪，我亲眼看到100多人就是这样被枪杀的。”
几十人、几百人乃至上千人被集体杀害的惨景就更加普遍了。史密斯在上述报道中说，他在下关亲眼看到有四、五百人被捆在一起，然后带到另一个地方去屠杀。至于几十个人一起被杀的，或几个人、单个人被杀的就数不胜数了。后来他从朋友的信中得知：“池塘中，水渠里到处都是日军杀害中国人的尸体，以至在几个星期后人们都无法使用‘满是浮尸的池塘、水渠里的水’。”
关于“北门前堆着一米多厚的尸体”不只是史密斯一个人见到。我们一定还会记得——西条受读卖新闻社派遣专门参观12月17日举行的“南京入城式”。后来在《支那事变一年史》中写道：“我出去一看，见码头斜对面一座高高的板墙，墙内中国兵的尸体堆积如山。”当时许多外国人把挹江门说成是北门。而挹江门又距中山码头很近。史密斯所见“一米多厚的尸体”也许和西条讲的是一同处，也许不是同一处，这样就有两处“墙内中国兵的尸体堆积如山”了。
拉贝（即雷伯）在1938年1月4日给一个名叫W�迈尔的人一封信中说：“日军在占领南京后进行了数周之久的烧杀抢掠，大约有2万名妇女被强奸，成千上万的平民惨遭杀害。日军连外国人住的房子也敢闯入，60所德国人住的房子中40所遭到抢劫，4所被全部烧毁，整个南京城被日本人放火烧掉三分之一。杀人纵火、奸淫抢掠，至今仍在继续。南京城里没有一家商店未被砸、被抢。南京城里到处都是被日本军队杀死的中国人的尸体，不准另人收埋。”
拉贝根据的情况已被洞富雄先生编入《南京大屠杀》一书，并且加以分析和肯定。这里不再重复。
除了罗森、拉贝的报告和史密斯的报道外国人外，马吉拍的电影解说词中也和上述三个人说的一样：日本军攻陷南京后，对中国平民犯下了灭绝人性、惨不忍睹的法西斯暴行。他们不仅用机枪扫射，刺刀挑，手榴弹炸，以及用活理方法一批一批地残杀中国人，还往活人身上浇汽油点火焚烧。把许多人捆住手脚扔进江河池塘。不少凶狠残暴的侵略者兽性大发，把中国人的衣服剥光后将人丢进池塘开枪射击；把年轻的姑娘、妇女衣服剥光，十几个甚至几十个日本兵轮奸后，再用刺刀把受害者挑死。有的日本兵用枪逼着儿子当众奸污自己的母亲，当儿子拒绝时立即被杀死。于是灭绝人性的日本兵奸污了这位母亲，母亲含愤自杀。
罗森在上述的报告中还谈到日本兵残杀妇女的惨状：一位妇女被刺刀从背后捅进去，刺刀尖从前胸穿了出来，送进医院后5分钟便惨死；在美国教会的医院里，满是被日本兵野蛮摧残后伤势严重、气息奄奄的中国妇女。他在1月15日那份报告中写道：“1月14日，美国医院收到一位脖子被日本割断一半的中国妇女，连医生都惊讶这位妇女居然还活着而被送到医院里来。另一位孕妇腹部挨了一刺刀，腹中的胎儿被刺死。医院里收进许多未成年的少女，她们被多次、有的甚至接连被轮奸20次之多。”其惨状令人寒心。
日本侵略军的兽欲在那份报告中也有详细叙述：日本兵不论中国妇女年龄大小，一律强迫满足他们的兽欲，不少妇女因此而投河自尽。一位年仅10岁的姓冯的女孩，因年纪太小，日本兵竟把她的阴道割开，活活将她折磨死掉。
罗森3月4日的报告中还谈到南京郊外的受害情况。他说，在南京周围四、五十里的地方见不到人影，到处都是无人收埋的尸体。距南京太平门50里的龙潭镇，2000多户人家居住的几千栋房舍全被烧毁；距南京中山门六十里的淳化镇，1万栋房屋被烧毁，79人惨遭杀害，1万多户人家无家可归。
罗森的那份报告中还有一个附件，是龙潭水泥厂附近的农民王耀山、梅有夏、王云凯和夏明丰等人，写给在该厂工作的德国人和丹麦人的一封控告日军的信的译文。信中说：日本兵经常带枪到村子里来，他们先要“花姑娘”，只要谁说“没有”就当场被枪杀。在路上只要遇到人就搜身，银元、货币一律抢走，牲畜几乎被日本军杀光了。龙潭地区3000头耕牛抢走2700多头。江宁和句容交界的山，龙潭地区二、三十里范围内，没有一个家庭不是房屋被烧，就是家人遭杀害，被弄得家破人亡的。在这封信的后面，还开列了被日本军杀害的一长串名单。
罗森的1937年12月24日的报告中说，1937年12月9日上午，日军侵占南京的前4天，日本方面就要求所有外国人都离开南京，1938年1月15日的报告中又说道，南京沦陷1个多月了，日本方面还不让外国人回南京。他们：“我想这是日本当局害怕外国人成为他们滥杀无辜、血洗南京的见证人。”当外国人提出回南京的要求时，日本人才着手清理遍地都是的中国平民、妇女、儿童的尸体。因此，他们迟迟不允许外国人返回南京。
事实很明显，日本军在攻陷南京前要求外国人离开南京就是为了要执行南京大屠杀的计划。南京大屠杀后又不允许外国人及时回南京，就是害怕外国人看到南京大屠杀后留下的现场，企图掩盖他们的暴行，为的是往后可以抵赖。
外国人即使被允许回到南京，其行动也受到日本军的严格限制。罗森等曾提出到设在龙潭的江南水泥厂看望德国公民，却遭到日方的拒绝。他借故到中山陵一趟作为试探，路上受到日本兵多次盘查。罗森说，这充分证明日本侵略者害怕外国人把他们的暴行暴露在光天化日之下。
但是南京大屠杀遍地是尸体的罪恶事实是掩盖和抵赖不了的，就连战犯松井石根也不得不承认这一铁的事实。罗森在1938年2月10日的笔记中记下了南京敌伪机构中一位叫杨秋明（译音）的官员向他提供的松井石根2月8日会见这位高级官员的谈话内容。松井对他说：“非常遗憾，日本军队进入南京后做了一些不光彩的事情。”
我们清楚地知道，松井石根在1月底便亲自出马，筹划建立南京的敌伪政权，先后找到几个大汉奸谈话，计划以温崇尧、梁鸿志、陈群三汉奸为核心，在南京组成华中“政府”筹备委员会。杨秋明是汉奸中的一个。松井石根这样做的目的在于以实话实说拢络人心罢了。在被判处绞刑以后，他对东京大学教授花山信胜曾经这样说：“南京事件，可耻之极……好不容易树立起来的皇威，一下子由于那些士兵的暴行失去了光彩。”应该说只有可耻，哪里还有什么光彩而言。
远东国际军事法庭于1946年5月3日开庭，根据中国方面所提供的南京大屠杀的证据和参加过南京大屠杀暴行日军的供词以及其他人证物证，1948年11月12日判处对南京大屠杀负有直接责任的松井石根绞刑。另一名主犯日军第6师团师团长谷寿夫被引渡到南京进行审判，处以死刑。
1996年12月，我又收集到一份很珍贵的南京大屠杀的旁证材料，现将该报道全文抄在下面：
南京大屠杀的又一铁证
前德国纳粹党驻南京负责人报告书被发现
【日本《朝日新闻》（1996）12月8日报道】
题；纳粹干部的遗物中发现详细记述南京惨状的报告（记者水本和实）
前日军从1937年底直到第二年在南京进行了大屠杀。当时驻南京的德国纳粹党南京分部副部长J�拉贝曾向希特勒递交了关于此事件的报告。当时，在南京的美国人虽然也有报告，但这次发现的记录却是身为同盟国的德国人所写的亲身体验，是揭开“屠杀”真相的珍贵史料。
报告是用打字机打的，共260页。这是1938年6月8日写给希特勒的信，它的内容选自J�拉贝从1937年12月9日开始写的日记。他说：“我想报告一个照顾我30余年的中国人是如何受到悲惨的遭遇的。”
据报告说，日军占领南京后，不把放下武器进入难民区的许多中国士兵当作俘虏，而是以数千人为单位有组织地处死。
此外，关于普通百姓，他记述道：“仅仅由于像是士兵或在日军面前出现就有数千人被杀。”
J�拉贝认为这种“大屠杀”是有组织地进行的。
日军多次集体抢劫和强奸，拉贝自己也出示纳粹的臂章，把拥入安全区自己家中试图污辱避难妇女的100多名日军轰走。
报告保存在拉贝的德国家人手中一直没有公开，今年9月被在调查此事的美籍华人记者得到。
第二次世界大战后，J�拉贝因曾是纳粹党员，几乎被免职，但考虑到他在南京时的功绩，又被官复原职，1950年死于西柏林。
发现报告的是现住在加利福尼亚的艾丽斯�陈。陈从两年前开始收集有关南京事件的材料，走访了美国和中国的有关人士，在柏林找到悄悄收藏报告书的J�拉贝的外孙女。
拉贝是当时南京难民区国际委员会主席，他调查了1937年12月8日至第二年1月13日这段时间发生在南京的一些事件，记下了《一个德国人的所见所闻》，在东京审判时并作为检察方面的证据被提出。罗森的报告引用的也有这中间的内容。此次在J�拉贝外孙女处发现J�拉贝给希特勒的报告。报告者提醒希特勒应引起注意，还证实南京大屠杀是实实在在的事实。当时德国驻南京代表向本国外交部报告说：“犯罪的不是这个日本人或那个日本人，而是整个的日本皇军……它是一部正在开动的野兽机器。”据推测，这个报告可能也是J�拉贝写的。
艾丽斯�陈在J�拉贝外孙女家中发现的这个给希特勒的报告，它的意义在于预示着南京大屠杀的史料可能在其他地方也有，其中也包括日本，多少年以后还有可能才被发现。这对翻案者来说是个无可奈何而又难以避免的惩罚。
《拉贝日记》于1997年8月由江苏人民出版社和江苏教育出版社共同出版，计720页524千字，是南京大屠杀的又一铁证。
拉贝的日记从1937年9月开始，一直到1938年他回柏林为止，连续写了6个月之久。这段时间正是南京大屠杀发生的时间。拉贝先生当时被推选为南京国际安全区主席，主持安全区难民的保护工作。他曾亲自就日本侵略军的暴行向日本大使馆交涉。作为大屠杀的外国见证人，他的日记详细的记录了500多个惨案。详细地记录了侵华日军攻陷南京的对手无寸铁的中国军民集体屠杀、砍头、活埋、水淹、火烧和奸杀等罪行。日记里还包括其他几位德国人亲眼所见的日军暴行。这些材料所描述的暴行罄竹难书。而这是一个作为日本盟国的德国公民所写的私人日记，其真实性是不容怀疑的。
拉贝1938年回到德国后，曾向希特勒提交南京大屠杀的报告。但因德日为盟国，德国当局禁止他发表在南京的所见所闻，甚至一度被盖世太保逮捕。拉贝先生1950年逝世后，日记资料由其孙子保存，但一直没有公开。
最近，美国一位华人女作家张纯如为撰写关于南京大屠杀的书而收集资料，查访到拉贝先生的外孙女赖因哈特夫人。最初，赖因哈特夫人对公布拉贝先生的私人日记还有顾虑。经纽约纪念南京大屠杀受难同胞联合会向她说明日记的意义，她为之感动，劝说她已80多岁的舅舅拿出日记，并同意公诸于世。
拉贝给希特勒的报告，消息传到日本，立即引起许多人关注。尤其是日本学者，日中和平友好人士，对此事特别关心，并参与评论。认为约翰�拉贝的报告在尘封50余年后，最近公诸于世，引起了国际舆论的重视。由于拉贝是日本战时盟国德国纳粹党人，当时任纳粹党南京分部副部长，因此，他的这份报告更具历史价值。
日本字都宫大学中国近代史教授笠原十九司指出，这份报告是现已发现的当时在现场的德国人的第一份报告。它不仅具有史料价值，而且向希特勒提交报告本身也很耐人寻味。像拉贝那样身份的人，敢于向日本盟国的最高领导人报告，此事本身就证实了南京大屠杀确有其事。
日本千叶大学、日本现代史教授秦郁彦说，这个报告是战时日本的友好国家德国的人士对当时情况的客观叙述，比起当时对日本很反感的美国牧师的证言具有更高的史料价值。
前面提到：《拉贝日记》发现的意义在于预示着南京大屠杀的史料在其他地方也有，其中也包括日本。这个估计千真万确。事隔5个年头后，就在日本右翼团体于2000年1月23日，在大阪市国际和平中心举行所谓“彻底验证20世纪最大谎言《南京大屠杀》的集会”时，在长春又发现南京大屠杀的另一铁证——“昭和十二年（1937年）十二月十三日”的《大阪每日新闻》，刊登了题为《南京总攻击观战记（之三）》，内中说：“在下关扫荡，败敌尸体约有三万；城外约7万人被打死，城内一万五千人，另有一万二千多名俘虏待处置”。不难看出“下关败敌尸体约三万”是佐佐木到一支队所杀害的平民百姓。该报道在当年12月23日，在这之前南京城外尤其是沿江发生多起集体大屠杀，这7万人被打死应视为其中一部分而已。“城里一万五千人被打死”，肯定指的是被分散屠杀的一小部分。
所有这些新发现，对于翻案者来说是个不可逾越的障碍，一种无可奈何的惩罚。日本现政府对于日军侵华的全部暴行罪恶，其中包括南京大屠杀的暴行罪恶，负有不可推脱的责任。应确实制止日本右翼势力反华翻案活动，进一步向中国人民道歉，按照国际法给予受害者赔偿。