日本既是以反对俄国独吞东北，维护“门户开放”原则的名义打的这场战争，自己又已打的筋疲力尽，没有余力与山姆再搞对抗，所以就行韬晦之计，暂时掩藏起自己的野心，休养生息，以待来日。但日本政府很快就暴露出独霸南满的意图，在东北建铁路的备忘录被宣布无效，哈里曼的计划也就此泡汤，日美之间由此生出了嫌隙，而这也就成为美国日后干涉“二十一条”，美日交恶，乃至在第二次世界大战中与中国结盟打击日本的的远因。
1907年7月，日本又与俄国签订了《日俄协定》，其中的秘密条款就是日俄瓜分东北权益的规定，在这个交易中，日本在承认俄国在北满的一切特权外，并承认俄国在外蒙古的特殊利益；而沙俄则在对应承认日本在南满的一切特权外，也承认了日本与朝鲜间依现行条约为基础的共同政治关系，即在实际上承认了朝鲜为日本的保护国17。通过这个协定，日本初步实现了其大陆政策的核心计划，即控制朝鲜、中国东北等对其至关重要的所谓“利益线”，当然北满还在俄国人手里，但日本人有这个耐心，东北早晚要全部拿过来，这就是日后“二十一条”、“九·一八事变”的起因。
但在日俄战争前后，中日关系却处在“蜜月时期”，用日本人的话来说，是“日中亲善达到了最顶点18”。日本为了与俄国对抗，在庚子事变和日俄战争期间开始极力拉拢中国。日本摆出一副“亲善”的面孔，见了中国人就大谈东方民族要携起手来，对抗西方的侵略；日本还积极参与中国的变法改革运动，处处表现出很热心，很想帮助中国富强起来的样子，一时还真是迷惑了不少中国人。当时日本参谋本部先后派出许多高级将领，到中国游说，劝诱中国大量聘用日本顾问和教习，派遣武备学生赴日本军校留学深造，为此，还专门开设了“振武学校”、“成城学校”，作为中国学生进入日本士官学校的预科。当袁世凯推行北洋新政时，日本更是全面配合。1902年日本参谋本部次长田村专程到保定造访袁世凯，接洽“中日军事合作”问题。同年10月，日军参谋总长大山岩对应聘前往中国的军官发布了特别的训示，要他们“努力工作”，在中国上层“以实力培植亲日势力”，强调这是日本“对华政策的百年大计19”。很显然，日本这一系列做法本身有着很深的用意，目的是在中国统治阶层内部培植起一个“亲日派”，作为日本将来侵略中国的工具。
日本这一套可能使缺乏国际政治、外交斗争经验的人上当，但肯定糊弄不住袁世凯，在朝鲜时，文的武的，他与日本人打了十多年交道，对鬼子的居心摸得透呢。那么怎样解释北洋反而是当时聘用日本人最多，向日本派出的武备学生最多，与日本人搞军事合作最紧密，与日本军事顾问交往最深的地方呢？
首先，联络、依靠日本，实在是没有办法的办法。中国只能以更为先进的列强为师，不管人家是否打过自己，也只能向比自己更强的国家学习，才有可能摆脱积弱积贫，受人欺侮的现状。
其次，中国需要其他列强出头抵制俄国的侵略，这种侵略已经严重威胁到了国家领土的完整和生存。中国既没有力量抵御，只能采用“以夷制夷”的老法子。尽管日本的意图也是侵略，但它的实际威胁在将来，而俄国的威胁近在目前。
再次，日本确实有的可学。甲午之前，日本在中国人心目中还不过是个化外蛮夷的蕞尔小国；但甲午之战居然打的大清国丢盔卸甲，溃不成军。更让国人吃惊和佩服的是，它居然打败了拥有世界上最庞大陆海军的北方巨人——沙俄。日本通过明治维新，短短几十年时间，就从一个比大清更弱、命运也相同的小国崛起为东亚强国，与西方列强平起平坐，确实给了中国人启示与希望。更何况，这个日本在大清国患难之际频频招手微笑，主动出头摆平俄国，不顾《辛丑条约》禁运军火的条款，大批出售武器弹药给中国呢。而且袁世凯和当时朝廷的大员都认识到，日本经验更切合中国的实际，所以庚子年后“近学日本”成为一时的风气。况且，聘日本人，到日本留学要便宜很多，在当时那种财政拮据的情况下，这也是必须要考虑的因素呢。据统计，1904年初，中国留日学生总数不过一千三百余人，其中武科学生二百余人；而到了1907年初，留日学生人数激增至一万七千八百六十余人，三年之中，增加了十几倍20；东洋之风，可谓劲矣。
袁世凯对日本存有根深蒂固的不信任，但却不肯不利用日本的这笔教育资源。他历来重视军事人材的培养，当然不会放弃机会。1902年3月，袁从武卫右军的随营学堂中选派了五十五名学生赴日留学，1907年又陆续派出了近百名武备留学生，以培养“高级将材”。这些人学成回国后，大都受到重用，担任了高级军职。较著名的有：孙传芳、卢香亭、杨文楷、周荫人、吴光新、卢金山、潘矩楹、张树元、刘询、贾德耀、周文炳、李成霖、孙国英、王金钰、徐树铮、唐之道、姜登选、陈文运、曲同丰、傅良佐、毛继成、廖宇春等。袁还在保定武备学堂附设了留学预备班，蒋介石、张群等就是经由这个预备班进入日本士官学校的。袁世凯在编练、扩建北洋新军时大量聘用日本军官，全盘引入日本军事教学与训练方法的做法，还在于他认为日本陆军师从德国，而北洋新军从小站起就是由德国教官(庚子年才因到期解聘)训练的，因而改行日法，在实际上仍与原来的训练一脉相承，不至于杆格癥牾。
最后，袁世凯乃至清廷在新政和日俄战争期间的所谓“亲日”倾向，实际上是“两害相权取其轻”式的策略性选择，同时也不乏相互利用的成分。譬如，中国在日俄战争中采取的是一种带有倾向性的“局外中立”政策，不仅暗中替日本收集东北俄占区的军事情报，而且默许甚至授意东北的胡匪和马贼与日本人合作，破坏俄军补给，扰乱俄军后方，袭击俄军守备部队等等。后来的“东北王”张作霖张大帅，就是由此崛起的呢。在某些重要战役中，马贼甚至起到了关键作用。
甲辰日俄战争中，日军在辽阳南首山一役遭俄军抗击，屡攻不下，伤亡惨重，结果利用冯麟阁、金万福所部骑匪数千人组成了所谓“忠义军”(当时人称为花膀子队)，从辽河以西挺进，抄袭首山的右侧背。俄军出于不意，放弃首山，向北败退。日军乘胜长驱北上，俄军一败涂地，不可收拾，日俄战争胜负之局，由此也就决定了。冯、金两匪部，帮助日本袭击俄军，使首山战役转败为胜，因而决定了整个战局，对日本来说这是很大的一功。日本军事当局奏明天皇奖赏他们两人宝星勋章，并电请清政府将这两个匪首收编重用。不久，金、冯两人就被清政府擢用为奉天省巡防营统领和帮统。21
说到清廷这一时期与日本人的合作，我们可以通过袁同两名日本顾问的关系略作透视。这两名顾问，一是日本驻华武官青木宣纯，一是上一章已经提到过的坂西利八郎。
青木宣纯(1859—1923)，日本宫崎县人，出身于武士家庭。据说青木自幼爱读《三国志》，后来对中国发生兴趣也是受到此书的影响。青木毕业于陆军士官学校，后来进入参谋本部，热心钻研中国问题，不久后被派往广州刺探中国内地的情报。青木以极大的毅力学习中国语言，据说能说一口流利的北京官话和广东话，是日本军部中第一个“中国通”。他先后在广州、北京居住了七年，搜集了大量情报，随后被派往比利时留学军事。甲午战争前被调回参谋本部，专门研究对中国的作战，并以第一军参谋身份随军出征中国。战后，青木从1897年起长期任职于日本驻北京公使馆，袁世凯在山东编练新军时，青木曾受聘担任顾问，由此与袁搭上了关系，青木工作努力、认真，深受袁世凯的信任。
1903年10月，青木“在极其秘密的情况下到达天津，会见了当时的直隶总督袁世凯，说明日本开战意图及刺探俄国战备的谍报任务，与扰乱其后方的重要性，请求中国合作22。”青木的这一要求出自日本军部对俄作战的计划：
当时参谋本部大山岩任总长，儿玉源太郎任次长，福岛安正任作战部长。儿玉参谋次长鉴于时局紧迫，欲求增进日、清之间的亲密关系，并在日、俄开战之时实现下列重大任务：
一、日、清协作组织刺探敌情的谍报机关；
二、不断破坏敌军背后之交通线；
三、利用马贼集团威胁敌军之侧翼。23
庚子事变后，袁世凯曾再次邀请青木出任北洋的军事顾问，青木推荐立花小一郎代替自己，而于1902年返国。为了找一个袁世凯信任和熟悉的人，游说中国合作对付俄国，儿玉次长亲自登门拜访，动员青木前往天津从事这项秘密使命。
青木抵天津后会见袁世凯，共同就谍报协作问题及动用马贼等问题进行协商，袁慷慨应允。对有关谍报协作问题，袁表示已向旅顺、满洲一带派出谍报侦察人员数十名，今后每次情报均会及时提供给日方。对动用马贼集团问题，袁表示只要在直隶省界以外便予同意，并可秘密给予援助。此后，凡各地谍报人员每日传递总督府的情报，袁立即出示给顾问坂西少佐，坂西译成日文后，送交当时天津驻屯军司令官仙波少将，用电报发往日本大本营。24
当时日本在中国派驻了许多特务机关(对外称作“军事使节团”)，专门从事谍报破坏活动，“青木机关”、“坂西机关”是其中最为著名的。
从《土肥原密录》中的材料看，袁世凯早在战争爆发前一年就知道了日本不惜一战的决心，并且暗中与日本军方进行了密切的合作。“袁世凯为了协助青木的工作，把自己的部下段芝贵、吴佩孚派到了青木身边。众所周知，吴佩孚以后的发迹，是由于先与青木，继与坂西及土肥原等日本方面的代表人物长久保持着密切关系有关25。”日俄战争爆发后，青木在袁世凯的支持和配合下，出色地完成了敌后作战任务，并于1904年被晋升为少将。此后青木长期担任驻华武官，1913年晋升为中将。民国时期，因为袁世凯“亲英美，疏日本”的政策及在“二十一条”问题上不与日本合作，青木曾一度被军部派往上海，与积极联络日本倒袁的孙文，研究如何推翻袁世凯的活动，后因袁世凯死去而中辍26。
我们在北洋建军的档案文献中，常可见到一个名字：“班志超”，这个班志超就是坂西，“班志超”是袁世凯亲自为他取的中国名字。坂西利八郎(1870—1950)，日本纪州人，出身于武士家庭。1891年毕业于陆军士官学校，1900年以优异成绩毕业于陆军大学，于毕业典礼上获得天皇颁赐军刀。1902年被参谋本部派往中国任助理武官，后接替立花小一郎担任袁世凯的军事顾问。坂西在华活动达二十五年之久，他努力学习中国语言，说一口流利的中国话，蓄中国式的发辫，穿中国服装，取中国姓名，是继青木之后首屈一指的“中国通”。
日俄战争中，青木直接深入敌后，坂西则留在袁世凯身边，协调前后方的情报联络工作。坂西曾谈到中国在日俄战争中的作用：
1904年日俄开战，这时日中亲善关系达到了最顶点，中国人决心和日本并肩作战27。但当时中国军队还没有训练好，准备也不充足，如果作战失败反而使日本为难，因此，中国宣布局外中立，不偏袒任何一方，并划定辽河以西为中立地带，日军就是在东岸作战的。中国的中立是表面的，实际是帮助日军，只不过不直接向俄军开炮而已。中国采取的这个亲日中立，对我军作战给予很大帮助。如果辽河以西的中国军队不是亲日而是怀有敌意的话，将使日军发生严重的困难。28
坂西努力学习中文，为的是能够直接与中国军方高层进行沟通，据说他到天津出任北洋军事顾问的第二天，就闯入袁的房间，卤莽地要求以后取消翻译，直接与袁对话。此后他与袁的接触都用中文交谈，由于其工作“殚精竭虑，忠于所事，中国陆军之创始及军事教材之输入，用力独多29”而深得袁的好感和信任，成为袁世凯当时的心腹之一30。袁世凯失势后，坂西也受命返国，而后赴欧美游历考察军事；袁世凯复出后，坂西奉派出任驻华武官，并被袁聘为大总统府顾问。袁世凯死后继续担任黎元洪的顾问，1921年晋升为陆军中将，1927年归国退役后，长期担任日本议会贵族院议员，被奉为中国问题的权威。日本后起的“中国通”，如土肥原贤二、多田骏、坂垣征四郎等等，均出于坂西门下。所以，坂西被称为青木之后的“第二巨星”。
青木和坂西与袁世凯的关系再好，私交再深，也不能改变他们是日本军部派驻中国，为日本谋取甚至攫夺在华利益的特务这个事实，因而当袁世凯成为日本阴谋的障碍时，他们都转而反对，甚至策划推翻袁。同样，袁作为清廷的重臣和民国的元首，也必然以国家利益为依归，当日本继俄国之后独霸东北满蒙的野心逐渐暴露后，袁即转而拉英美以抵制日本。所以，日俄战争过后不久，“日本热”即成明日黄花了。
袁世凯像所有改良派大臣一样，是主张“中体西用”的，也就是张之洞所说的“中学为体，西学为用”。因而，在北洋的军事培训与教学上，他也贯彻这一方针。我们且看他为陆军小学堂订立的课程设置。陆军小学堂说是“小学堂”，实际上招收的都是十七至二十岁的知识青年，相当于初级步兵学校，袁世凯对它极为重视，说它是“陆军将校初基，凡军队之强弱，国势之盛衰，皆系乎此”。陆小学制四年，每一学年，在专业课程之外都设有“经义”、“史鉴”、“文法”、“地理”四科，四科的设置，体现了“中学为体”和“经世致用”的思想。
第一年
经义选授经传大义。
史鉴中国历代系统及治乱大略，国朝掌故要略。
文法学作浅近论说并习字。
地理地形说略，亚东考略，中国地名详考，中国山川、土产、户口、财赋、军备及农工商业各要略。
第二年
经义选授经传大义、古文策论。
史鉴列国及三国史鉴并名将事迹。
文法学作论说并习字。
地理日本地志、三韩地志、俄国地志、俄国东方地志详考(把日、俄、俄远东等列入，有深意存焉)。
第三年
经义选授古文策论。
史鉴晋至明史鉴并名将事迹。日、韩史略并名将事迹。
文法策论并习常用书信。
地理欧非美三洲地志考略、岛国地志考略。
第四年
经义选授武经精义并诸子要旨。
史鉴欧美非澳各洲史略并名将事迹、万国史事总略。
文法策论并习常用书信。
地理英属及法德日韩各国地志详考、俄华交界详考。31
“经义”、“文法”两科，实即为贯彻中国寓修身于读书识字之中的教育传统而设。在《陆军小学堂教授规则》中特别强调了修身的重要：
修身学为尽人立身之桢干，亦为全国立国之精神。教授宗旨，必使之有国乃能有家，有家乃能有身，必能修身乃能卫国，而卫国即以卫家。知是，则忠孝之心油然自生，而军纪、军秩及军人之职分、志趣，皆得其本原，而言之易入矣。修身非可空言，自以经义为主，四书皆圣贤微言大义，尤为伦理之宗，故陆军小学堂修身一科，从讲解四书始。32
“历史”、“地理”两科，也暗寓了爱国主义教育于其中：
历史、地理两科，讲授得宜，最动幼年生之情感。讲授历史时，指授本国古今圣贤、豪杰、志士、仁人开物成务之功，乃有今日，则该生必生爱同国种类之思。讲授地理时，指示本国幅员之广大，山河之雄伟，出产之丰腴，人民之栖托，当日开辟之艰难，今日保存之不易，则该生必生爱本国土地之思。此全赖教员于授课时淋漓痛切，慷慨发明，非笔墨所能罄，是谓精神教育之第一义。次将四千年来历朝统绪分出段落，使知时代递嬗及治乱兴衰之大概，务期简括明了。本国地理则以山岭枝干、江河流域为经，城邑、方向、户口、物产、关津、扼塞、省界、府界为纬；间说治革，以资读史。旁及轮船、铁道、商埠、侵地(被侵占的领地)，以明时局。其外国历史、各国舆地(即地理)亦准许这样指授。33
后世之批评袁世凯的人，都说他练兵目的在于培植私人势力，所以北洋诸军是一支没有“主义”，只知道个人私恩的军队34。但从上面办学设教的章程宗旨来看，对这种说法要打一个问号了。当然袁世凯的教育宗旨在帝政的年代，脱不出忠君爱国的老套，与南宋时岳飞“精忠报国”的思想没有什么不同，旧是旧了点，但不同的时代有不同的练兵宗旨和主义，无可厚非。
北洋六镇成军之后，1905年10月末，北洋在直隶河间府举行秋操。这是中国历史上首次近代化的大型正规野战演习。袁世凯从北洋六镇中抽调出三万三千多人，分成南、北两军，由王英楷、段祺瑞分别担任总统官(总指挥)，袁世凯和兵部尚书铁良任阅兵大臣，各国驻华武官、记者三十三人，各省代表二百多人均应邀观看了这次大演习。演习在纵深三百余里的范围内展开，战线拉长到二十余里；王英楷率南军由山东北上进攻，段祺瑞则率北军南下防御，最后在河间会操，并举行了盛大的阅兵典礼。河间秋操举办得相当成功，给观操的中外人士留下了深刻的印象，“器械精利，士马赳雄”，“中外观者俱甚称赞”。阅兵大典结束后，袁世凯大宴宾朋，“到者计千余人，举杯相赠，用志不忘，济济跄跄，宾僚欢洽35。”
翌年10月，北洋第五镇连同第一混成协(旅)与张之洞编练的湖北新军第八镇及河南第二十九混成协，又进行了更大规模的彰德秋操。南军由张之洞的爱将、第八镇统制张彪指挥，北军由段祺瑞指挥，双方共投入兵力三万三千余人。袁世凯、铁良仍任阅操大臣，10月20日，袁、铁一行抵达彰德，次日接见中外观操者四百八十七人；22—24日观看作战演习，25日举办阅兵式，之后举行盛大宴会，招待两军将佐与中外宾客。通过这些大型实战演习，袁世凯展示了几年来扩练新军的成果，受到了中外人士的普遍赞誉，北洋新政也已大见成效，袁世凯此时中外瞩目，名望蒸蒸日上，已无可置疑地成为李鸿章之后改良派的新领袖了。