最后的结论是，朝鲜欲求“至近、至大、至仁、至公之国以庇荫之，除了中国还能有谁呢31？！”
在强大压力下，国王李熙不得不以屈求伸，10月10日致信袁世凯，承认“有年少浅识之徒，虚诳放肆”，而袁的文章令他“不胜感佩，……怎敢不洗心革面，图维新政”云云。年底，李熙致函清朝礼部，就密函事件感谢“天朝宽恕”，持续数月的风波至此平息。
我们说甲申后，甲午前这十年间，清廷之朝鲜政策基本上就是李鸿章与袁世凯的政策，根据就在这里。在政治上，壬午以前，清廷对朝政策是放任不管；甲申以后则一变而为全面控制，看了袁的上述论说，也基本上可以知道其大概了。
下面来看外交方面的干涉与监控。联俄风波甫定，外交风波又起。翌年5月，朝鲜政府任命闵泳骏为驻日公使，朴定阳为驻美公使，沈相孚(后改为赵臣熙)为驻英、法、德、俄、义(大利)五国公使。作为试探，8月先派闵泳骏赴任，但迟至9月13日，始致书清廷告之此事，由此引发了持续数年之久的外交风波。
事件大致过程是：清廷认为朝鲜先斩后奏，擅派使节的做法，不合附属国外交事务要经请示批准的宗藩体制，9月23日谕令：“朝鲜派使西方国家，必须先行请示，等待批准后再前往，方合乎属邦体制”；李鸿章则致函朝鲜国王，嘱令该国外交，应遵行附属国的旧章。袁亦连续致函责问朝政府。朝方则虚以委蛇，一方面表示遵循旧章，一方面又声称互派使节乃建交时约定，“近日各国请之愈切”，故不得不派赴云云，同时仍为朴定阳出使美国作积极的准备。10月，迫于清廷压力，朝鲜不得不走走形式，咨请清廷礼部批准外派使节；清廷则只同意以属国体制派使，且只能派三等公使，不能使用“全权”字样。对此，朝鲜国王李熙11月初致函北洋，解释派任全权公使的初衷，是以“小国之上卿，位当大国下卿之意也。而且敝邦偏小，久已为各国所轻侮，如派使不足以壮观瞻，尤恐怕愈见轻侮，玷辱天朝，因而酌派全权公使，分别驻扎，虽然表达的是小邦敦睦之谊，也宣传了天朝怀柔远方之德。”并强调“全权公使”这一称号“已于派定之后，即下令外署通知照会各国使节先行报其政府，以备接待。如果此时忽然改派，深恐见疑于诸国，失信于天下，益开启各国轻侮之心，而加重强邻窥伺之意。”请求“仍准许派驻全权公使，……待报聘事情完毕，或调回，或以参赞等官员代理，以便节省经费”云云32。李鸿章请示清廷后回函同意朴定阳此次以“全权公使”身份赴美，但附加了“三端”，即三条外事纪律：
一、韩使初至各国，应先赴中国使馆报到，请由中国钦差携同赴外交部，以后就不再有什么要求。
二、遇有聚会公宴，酬酢交际，韩使应跟随于中国钦差之后。
三、一切交涉大事关系紧要者，韩使应先密商于中国钦差，核准请示。这全都是属邦份内应行的体制，与各国没有关系，各国不能过问。33
朝鲜打擦边球，而且赢得了第一个回合的胜利。国王一面表示“恪遵体制，恭谨行事”，一面会见袁世凯，“极力称赞准许派出全权公使，感激天朝恩德上宪教诲，殷勤款待，礼意有加。闵妃派其家族长幼诸闵，也殷勤致谢。凯则加意抚摩，酬酢而归34”。
孰不料这只是个障眼法，朝驻日公使、驻美公使赴任后均未首先拜会清廷驻日、美之公使，朴定阳更是单独谒见美国总统，呈递国书。李鸿章接到驻美公使张荫桓的报告后，责成袁世凯查问，朝方则答复如下：
此次派使西方国家，议准三端中，先拜谒华使并请携带前往(呈递国书)一端，太有失韩国国体，而且恐怕各国拒绝国书，不以平等相待，则贻羞非浅，所以朴公使因(维护)国体以至于违反原定章程。而出使五国的赵公使还在香港，如到了西方国家，也势难遵守，请婉言恳请北洋大臣俯准，删去第一端，以顾全韩国国体。
袁此时已看出韩国是故伎重施，但韩使已在海外，颇觉无可奈何，遂复电北洋：“伏查韩国谬妄狡黠，因此可知朴(定阳)违章，必有授意，现今受到查问时才提出此种请求。如果不允许，也必会悍然行事，反复筹思，难以理喻。”清廷恼羞成怒，断然拒绝：“三端既经议定，岂容轻易更张？著即电知该国王，恪遵前议办理35。”但生米已做成了熟饭，李、袁遂压朝政府撤回并惩处朴定阳，否则不再批准朝鲜外派使节。两国在外交上控制与反控制的斗争亦进入第三个阶段。朝鲜方面对清廷压力采取了如下应对措施：
一是推，即把责任推到列强和朴定阳身上。朝君臣认为“清廷素来畏惧洋人，我派遣使节结好洋人，清廷也必会畏惧我。北洋电报必是虚声恫吓，计划断无可虑，……从速派使结好西洋，清廷无可奈何36”。从这一判断出发，朝鲜一开始就把派使、违反“三端”等事说成是被动无奈之举，把责任推到列强一边，希望借列强之势为自己争得外交上的空间。但清廷不谈原因，只就朝方阳奉阴违，出尔反尔的做法诘责不已，朝外署遂将责任推到朴定阳身上。1888年2月2日(旧历十二月二十一日)回复袁世凯称：
查以前议定的三端，已于赴美使臣启行之前，饬令遵办。……未知该使至美为何托词不遵，以致有此诘问，实令人惊怖，立即发电诘问该使。后据该使电称，前定三端，本不敢违背，只是到美国后，查访打探国情，如果由华使带往外交部，美政府有意斥退国书，故冒罪违章，暂且完成使命，待回来后请罪等语。……是以该公使碰到万万难处的境地，才出此不得已之举，其情极苦，或许也该原谅。
袁是何等人，能受此愚弄？在转给北洋的电报中随即点明韩政府的答复“意在捏词搪塞”，“曲袒朴使，也无非是想要为赵使留下违章的余地37。”李鸿章因此大发雷霆：“韩政府外署竟敢用擅自违章的小人的无从查证之语转复，尤属胆大包天38。”
二是拖，即借口朴远在海外，回国后方能惩处，希望将大事拖小，小事拖了。2月6日(旧历十二月二十五日)，朝外署再次致函袁世凯：
所有该使违章之罪，亟应议处，而现在本人出疆，无以施加谴责，拟等到调任回国，再行议处。……我国王殿下，自闻此报，殊为震怒。本督办亦不胜惊惑之至。总之该使朴谬妄的事实，可看出大致轮廓，容等到该使返回复命之日，应由敝政府再行查核并施加谴责，还要乞求贵总理特别给以包涵体谅。
责任既已推到朴身上，朝政府亦答应予以惩处，袁觉得再责无益，不如以静制动，遂建议北洋“姑且等待朴使回国，视韩廷如何查办后再诘问39。”袁的盘算是，朴不回，则“违章案”不能了结，案子不结，则清政府绝不会批准朝再外派使节。此时朝鲜驻欧洲五国公使赵臣熙滞留香港观风已近三个月之久，势不能久拖不决，到时朝自会找上门来要求结案的。果不出袁所料，朝鲜迫于清廷压力，于1889年召回了朴定阳，而滞留香港的赵臣熙在迟迟不得出使的状况下，亦于1890年3月自行返国。清、韩遂又就处罚朴定阳一事展开新一轮的折冲。
先是，朴甫抵仁川，朝外署赵秉稷即向袁世凯请示如何结案，袁答以惩办朴；赵以惩办朴美国公使必会过问，“不如毋予追究，以此顾全中、韩双方的体面”，袁答以“如不惩办，中方体面何在？美国公使诘问又何足吓唬人？赵语塞，即赴宫。”袁通过其在朝宫廷内的眼线，很快了解到朝方的打算，在向北洋汇报的同时建议严词诘责：
又闻韩王打算在朴回来后即授职外署督办，以彰显自主之权。如中国追究得严，先支吾其辞，不得已则暂时定罪，而暗中唆使美国公使诘问，便仍可赦回充当督办云。只是朴回来后的查处如听之任之，不但大损国体，而且赵臣熙仍在香港，必会即刻赴任而重新违反三端，所以妨害尤其大。凯拟待朴回来后，即备办文书坚持严辞诘查，料其必难搪塞，朴如受到惩办，赵自会中止违章。
李鸿章自然同意并称赞他“驳赵语甚有劲40”。朴定阳回到汉城后向韩王辩解自己并未接到朝廷的明确指示，而且“万国互通使节的公例，无先往他国使馆的礼仪，也无通过他国公使谒见外交部的事例”。而朝鲜所聘外署协办德尼则“力言于王，如听任中国对朴处罪，韩国就不是自主国家，各国必定不接待韩国使节，必须立即补授朴显要的职务以昭示各国，中国必无可奈何，这全是袁某一人作祟，尤其无足顾虑。”韩王于是派大臣多人，连日劝说袁“含糊了结，毋深究”，其外署督办闵种默并告诉他，“国王久已嫌你恐吓”。袁不为所动且严加驳斥：
凯驳以韩国虽与各国有约，也应恪守藩属体制的派使规章，岂得阳奉阴违？你们既然包庇朴，必然是你们朝廷故意放任朴违章，你们朝廷可以儿戏自欺，也想要中国的朝廷这样么等语。言辞神色甚为严厉，闵(种默)颇为畏惧惭愧地返赴王宫。41
此后，对朝鲜诸臣车轮战般的软磨硬泡，袁干脆托病，“拒不与谈”。
由于袁为清廷及北洋全权代表，朝鲜外署致北洋函件非通过袁不能上达于北洋，袁借此以逸待劳，将不遂所愿的函件不断退回，要求重写。李鸿章认为此着“甚妙”，嘱袁“不要催其回复。若是回复达不到要求，仍须掷回，宁拖着也不结案。”并向袁交底，“将来结束，若他们恳求不办重罪，或将朴撤职并停止差委，便可下台42。”这样“违章案”的处理又拖了下来。
但到了12月4日(旧历十一月二日)，国王径自委任朴定阳为都承旨兼副提学。在袁看来这是公然无视大清尊严的挑战，随即致电北洋，要求对韩施加重大压力：
惟查前定三端，为的是昭示宗藩体制，朴违背而受中国诘责，韩国始而委罪于朴，答应究办；继而不处理，反而授予朴显要职务，是违反属国体制之罪在国王而不在朴，又未免欺中国太甚。凯如只向韩政府诘责，终归于儿戏；若从此含糊忍受，则各国讥笑，韩国人的轻视慢怠必日甚一日，而藩属体制名分必日渐解体，而且赵使也必会再次违章。关碍大局，殊非浅鲜。似应由凯亲自谒见国王当面诘问，倘若王托故不接见，再秉请宪台以公函诘问国王，或请旨斥责，方合乎事体。43
此后，袁世凯连日催逼朝政府就任用朴一事作出答复，并运动王太妃(即王太后，亲华)向国王施压。太妃“闻知甚怒，责备国王事奉大国不敬，国王甚为恐惶，声称先立即罢免朴的官职，(以后)再慢慢办罪44”。12月26日(旧历十二月五日)，袁入宫面见国王，王“外甚亲密，谈话涉及朴定阳的事，则惟请周旋了事”；后又通过臣下向袁暗示，对朴可以秘密治罪而不予公布，而由袁转告李鸿章以了结此案，也就是私下了结以顾全双方体面。袁世凯则判断此为韩国之圈套，建议将计就计，以权术诱使韩国就范，这就是本章前面那封函电的来由。
朴定阳一案，此时已由王室幕后的实权人物闵妃接手，她的策略是，先笼络住袁世凯，然后免去朴的职务，但不予公开，由袁世凯说服李鸿章接受这个顾全双方体面的做法。为此闵妃派其亲信洪在羲反复游说袁世凯，说国王和王妃对袁的剀切陈词和苦心筹办极为感谢，并后悔从前听信人言而怀疑、误解了他。至于朴定阳案，实在难于公开处分，打算秘密治罪但不予公布，请袁以已经治罪上报李鸿章，以了结此案。如果不行，则挑个小错处置朴，含糊其词，“使人不能指实为违章罪，而在中国看来是已加惩处”。
闵妃的做法，在袁世凯那里实在是小儿科。韩国方面之所以坚持不公开处理违章案的目的，袁心里十分清楚：“王妃、国王坚志蓄谋，寝食不忘者，惟在不令赵(即等候出使欧洲的赵臣熙)遵奏章，以保全自主体制45。”但袁世凯也想尽快了结这件拖延已久的案子，于是将计就计，演出了一场好戏。他首先作出很感动的样子，然后吞吞吐吐地透露出李鸿章打算严办此案，事情极难了结，而他泄露了北洋的底牌，如果让李鸿章知道了，“罪甚大”，嘱咐洪在羲对自己所谈论的事，“万不可泄”；至于一起糊弄李鸿章，则是欺骗上司，他不敢与闻。但为保持中朝关系的大局，他“必尽力”。国王可按原来的打算办，先把朴革职，然后他再了解社会上对此事的舆论，探察北洋有无允许从宽处理的意思，“方可相机周旋”。至于韩政府的公文，可暂不呈报，如果北洋允许从宽，再随时呈报。袁世凯的“诚恳”、“合作”态度，使洪在羲大喜，一直谈到天快亮时才回宫复命。
其实，北洋的底线是“轻办示惩，或明订出使欧洲者仍遵奏章办理”，问题的焦点已不在惩处朴定阳上面，而在今后朝鲜能否遵行“三端”上。朝鲜念念不忘的是自主，清廷坚持的是不让朝鲜自主，根本不可能调和。但案子僵持下去有损两国关系，袁世凯于是想出了上述“一办一托”的办法。“办”，即先诱骗朝鲜将朴革职；“托”，即不要求朝鲜马上上报处理此事的呈文，无呈文意味着没有结案，这样一可以防止朝鲜借口已经结案重新任用朴定阳，二可以根据需要随时重提此案，主动权即操在清廷一方。实现这个阴谋的前提是不让朝鲜摸清楚北洋真正的底牌，所以袁世凯在电函末尾请求李鸿章提防朝鲜驻天津使臣金明圭“伺察语风”，防止他向韩王揭穿骗局。
由此封函电可以看出，传统软硬兼施的做法已难见效，即智如袁世凯者也感到棘手，不得不主张施以骗术尽快了结此案。朝王室的目的是修改矮化、束缚朝鲜的“三端”，尽快使滞留香港的使臣赴欧就任，袁遂虚以委蛇，“拟诱其先革朴职，次令政府复文认错”。袁世凯的计划，全都事先详细电告了李鸿章，李不仅同意，而且指示机宜，双方合作无间，成功地演出了一场外交双簧剧。朝鲜为修改三端，派使赴任，遂免去了朴的职务，拖延数年之久的“违章案”至此告一段落。
1890年初，朝政府派赵秉夏赴北洋，请求修改三端、允准驻欧使节赴任和准许任用朴定阳，清廷坚持必得惩处朴，否则其他两项免谈。直至9月，李鸿章致函总署时，仍坚持这一方针：
朝鲜未治朴定阳违背之罪，中国即不变通中韩使节体制，以延宕其派赴五国的公使成行。……如彼迟迟搁置不理，我亦将此案暂悬不结，牵制其五国使臣难以很快成行。46
双方再次陷入僵局。1891年11月，朝再次任用朴定阳为户曹判书，当时袁世凯因母病回国省亲，李鸿章电令代理袁职的唐绍仪责问，朝鲜以朴职务“并非显秩重任”搪塞，并请求清廷允准。11月15日，清廷终于准许朝鲜起用朴，但“不得委以重任或再充使臣之职”；迁延5年之久的“外交违章案”终于划上了句号。朝鲜坚持不处罚违章者，清廷无可奈何，最终不了了之；而清廷坚持不改三端，亦牵制了朝鲜外交的开展，结果是两败俱伤。
再来看清廷对朝鲜财政的扼制。中、朝近代以前均实行闭关锁国的政策，被迫开放后又对西方长期持有轻视和抵制态度，故极端缺乏既懂外语又通国际商法的人才，不得不聘任外国人代理海关事务。譬如英国人赫德，就担任中国总税务司达半个世纪之久。朝鲜开放通商，也无此人才，求助于清廷，清廷遂于曾任职于中国的外国人中，有选择地推荐给朝鲜。与袁同时期派驻朝鲜的外国人先后有德人穆鳞德，英人墨贤理，德人史纳机、马根，美人德尼等。清廷的本意是通过这些人将朝鲜的海关通商大权把握在自己手中，孰知多数人并不领推荐之情，而是更为认同领谁的薪金为谁办事的职业操守，并且多对清廷过时的天朝观念不以为然。尤其是穆鳞德和德尼，到了朝鲜后均公开支持王室的自主愿望，并代为联络列强，出谋划策，如朴定阳使美违章案，就是德尼一手策划而成，很让清廷头痛。为把这些人弄出朝鲜，也很费了李鸿章、袁世凯的一番心力。
孰知一波未平，一波又起。1890年3月5日，税务司史纳机向袁世凯透露，朝鲜国王准备任用一个来自日本的美国人李仙得接替德尼并兼任总税务司，并打算收回海关权利。袁当即指示：“你奉中国的委派，韩国如欲撤换，应先咨请中国调回，如擅自派代，你不应遵从，可随时告我诘问韩廷，断不可遽自交代。”以袁遍布朝鲜宫廷内外的眼线，很少有事能瞒得过他的耳目。袁早知道史纳机暗中鼓动朝鲜收回海关权利，“不受中国海关节制，如穆鳞德故事”，于是先施以威胁：“有关韩国海关的权利，如在你手中损失，赫德(时任中国海关总税务司，兼管朝鲜海关事务)将不满意你，恐怕今后在中国海关再无立足之地47”；继之以笼络，答应代其谋取朝总税务司职务，稳住了史纳机。袁随即通过禧在明(英国驻朝领事)、闵种默(时任朝鲜外署督办)搞清了李仙得的来历和动向。李仙得曾任美国驻厦门领事，后又受聘于日本外务省，得以结识朝鲜驻日公使金嘉镇。李卸任后仍滞留于日本，成了无业侨民，用袁世凯的话说就是为谋职业而生事的“流氓”。朝鲜驻日使臣所以推荐他，是因为他声称能为朝鲜贷来巨款，他向韩廷提出可向外国银行贷款一百五十万元，由朝鲜三口海关收入中逐年扣还。袁即将详情电告北洋，嘱其设法阻挠，并向李鸿章提出了从根本上亦即从经济上控制朝鲜的对策：
李(仙得)此次募贷，未必有成，然朝鲜国王贷款计划的决心甚大，终必为狡猾阴险者藉以施放诱饵。凯历年熟思，办法有二：其一，等待韩请求中国从而杜绝外资，最为得体，而且增加驭属之权；其二，韩如外贷，日久必生事端，等到事端发生，再由中国移贷偿还。衡量韩国时势，终必有此二者。然而第一法自然是釜底抽薪之计，如果中朝(即清廷)现有此力，可否密示，以便相机嘱其谋求。如妥善订立合同，由海关按年扣还，当可完璧归赵。48
袁之所以建此策，是因为其数年来深感对于朝鲜之自主倾向，晓谕劝说和虚声恫吓均已难于奏效，在军事之外惟一能迫使王室就范的方法就是金钱。具体做法一是牢牢把持住朝鲜的钱袋——海关；一是在朝急需用钱时予以优惠的贷款。王室不缺钱花，收回海关权利的动力就会减弱，而贷款及利息均可自掌握在中国手中的钱袋里掏还，绝无风险。朝欠债愈多，对中国的依赖也愈深，藉此即可牢牢控制住朝鲜。
对袁的建议，清廷认为是釜底抽薪的妙计，不但立刻批准，许袁相机行事，而且予以积极的配合。5月3日(旧历三月十五日)，总署及李鸿章分别电令清廷驻俄、英、美、日等国使节：
密闻朝鲜议借洋债，此端果开，后患无穷。请知照(所在国)外交部，转告绅商，说明朝鲜贫穷而浪费，偿还贷款极为困艰，各国绅商不宜与该国订立合同，贷以巨款，将来如有借债不偿之事，中国不会为之担保。若各国因欠款而索债于朝鲜海关，中国也决不允许。预为声明，以昭和睦之谊。49
由于李仙得仅系一朝鲜所聘用的外籍雇员，虽有官方颁发的文书，终因清廷的声明而信用不彰，朝鲜从国际上贷款的计划终成泡影。
对于朝鲜宫廷中为国王出谋划策的那些外国人，头脑诡谲的袁世凯已看出他们难以同心共事，大可施以离间之术：
德(尼)、丹(士谟)、李(仙得)均非善类，可相攻挤，当可牵制，似宜静听。50
袁如何离间今天已难得其详，但确实起了作用是没有疑问的。3月9日，朝鲜政府任命李仙得为内署协办，李为了增大自己在王室中的影响力，果然援引其在日本时熟识的美国前驻横滨总领事，靠采矿发家的富翁葛累好士来朝鲜，朝政府4月15日免去了德尼内署协办的职务，代之以葛累好士。失势的德尼最终不得不黯然离开朝鲜。对于李、葛二人，袁则施以威胁，“屡次嘱人转劝(他们)以不可干预(中朝间事务)，免贻后悔，德尼可为前车之鉴51。”至于史纳机，袁不仅未为其谋求留任，而且断然拒绝了朝政府对他的挽留。
对于李仙得的贷款活动，袁料定没有中国和朝鲜海关的担保，李断难成事，所以并不急于放出诱饵，而是请假回乡省亲，一走就是多半年。翌年(1892年)5月，袁回到汉城。此时李仙得四处告贷无门，已被拖得疲累不堪；而朝鲜欠德国商人的债务已经到期；朝鲜驻美、日使馆已无维持经费，不断向国王告急。袁世凯看火候已够，方向前来拜访他的内署督办闵泳骏、外署督办闵种默表示：“倘有正宗要需，不妨商请中国设法，切不可再向他国贷款，致贻后患。”国王果然入彀，袁迅即电告北洋和总署，建议以华商(而非政府)的名义低息贷款十万元给朝鲜偿债：
查韩国贷洋债，固应阻止，然惟有中国提供贷款，始有词阻其向外国贷款，而且可固持其海关权利，只是在韩的中国商人，断难凑此巨款。听说出使经费存在上海的甚多，拟乞商议总署下令拨十万两贷给韩国，利息订低一些，假托在韩中国商会之名与韩海关妥订合同，按月由税务司于所征税金内分划本息解送上海，并由凯与闵种默等监订印押，必不致巨款虚掷，尤可坚固驭属的权利体制。52
袁之建议两天后即获清廷批准，且利息低至六厘(日本银行利息此时为二分半)。袁即与闵种默商定此贷款按八十个月期由韩海关收入中扣还，“此后不许再以关税划抵他国债务。”朝鲜政府内对此项贷款有争议，闵商镐、葛累好士等反对，认为“由海关划归，必受钳制”；闵种默、郑秉夏等支持；国王则迟疑不决，但终于抵挡不住债务的压力和低息的诱惑，同意以郑秉夏(时任转运漕米御史，为国王亲信，亦为袁在宫中的眼线之一，所欠德国的债务即为漕运船脚费用)名义告贷，与袁世凯代为选择的在韩华商同顺泰号于8月20日签订贷款合同，清廷于次日批准由上海江海关以库平银十万两支付，9月8日交付，解了朝鲜的燃眉之急。德债刚清，所欠日、美债务利息又届到期，韩王遂又派郑秉夏找袁商贷。袁认为“贷的愈多中国权利愈增。前次贷款，只由仁川税司扣偿，倘若再贷，拟商由釜山税司分扣，如此则海关权利(的控制)又进一步”，建议总署允贷。清廷自然批准，遂于11月再贷给朝鲜十万元。由于袁世凯在朝鲜外债到期，窘急无计之际，干脆利落地办了这两笔低息贷款，解了王室的燃眉之急，袁与朝王室十分紧张的关系大大缓和，他在电报中颇为自信地告诉李鸿章，国王在年底会晤他时，“情意甚为殷切，嘱付凯遇事指教，务期中、朝没有一点芥蒂，现在深知凯待韩国甚厚，以往各事请毋介意……。近来自从贷款二十万，韩国君臣感激欣悦，凯乘机联络开导，与权贵闵泳骏、泳达、郑秉夏等均关系友善。骏等屡屡劝谏王妃，诚心事奉中国，信待凯以自保。国王、王妃都渐渐感悟。倘若能够长久持有此种见解，东方事务可望逐渐理顺53”。清韩关系似又进入了柳暗花明的阶段。
然而此时，蛰伏了近十年的日本自觉力量已足以战胜中国，又蠢蠢欲动起来。此时袁世凯在朝鲜的主要任务，不光是阻遏王室的自主倾向，还要帮助朝鲜应付日本的挑衅和威逼。先是，1893年初日本派大石出使朝鲜，大石是个狂热的帝国主义分子，赴任伊始即口出狂言，“其论韩事有二法，驻该国俄使则结以恩，华使则畏以威”；到任后则宣称“连合各国扶持韩国自主，永不受中国凌侮，中国所派遣的海关官员可以驱逐，出使五国的使节可以派遣”，摆出一副与袁作对的架势。袁何许人也，自然不吃这套，电告李鸿章：“前年韦贝、德尼等谋使韩国自主，迄无寸功。倭强大不如俄国，大石阴险狡猾不及韦贝等人，各国亦未必听其连合，庸人自扰，似乎没什么了不起54”。但大石到朝鲜就是生事来的，他奉政府之命，以日朝间一些经济纠纷挑起事端，强逼朝鲜作出经济赔偿，并以撤使断交相威胁。袁则于背后指导朝鲜外署与之周旋，一拖二磨，使大石蛮横凶恶的面目暴露无遗，其帮助韩国自主的宣言遂不攻自破，最后由袁出面调处，以中国垫付赔偿了事。而此时大石已“为韩君臣所深嫉”，难以顺利执行外交任务，上任仅半年(当年7月)即不得不离任回国。袁略施手段，大石即铩羽而归，日本挑起事端以干涉朝鲜内政的阴谋亦遭挫败。
1894年2月，朝鲜开化派领袖金玉均在上海遇刺，成为日本干涉朝鲜内政的又一借口。金玉均、朴泳孝在甲申政变失败后，随日使竹添逃匿日本，不断进行推翻政府，在朝实行改革自主的活动，被朝鲜和清廷当作了心腹大患，除通过外交途径要求日本限制其活动外，亦不断策划暗杀二人的阴谋。1892年，朝政府派李逸稷赴日办理此事，李很快取得二人的信任，并拉由法国返国途经日本的洪钟宇(甲申政变中死难的“开化派”骨干洪英植之子，他认为其父之死，金等有责任，怀有复仇心理)参与此事，介绍洪与金、朴二人相识，由于有故友之子的身份，洪也很快取得了二人的信任。李、洪策划将其中一人引出日本后同时举事，各杀一人。于是洪钟宇遂诱骗金玉均随其赴中国求助：“故国革命，非自身力量所能达到，余曾流离中国十四年，与李鸿章之子李经芳最相亲善。若赖李经芳得其父之一诺，大事成矣55。”金遂决计随洪赴中国，1894年3月28日(旧历二月二十二日)，金甫抵上海，即为洪钟宇击毙于租界中日人开设的东和洋行，洪随即被捕；4月，清廷应朝鲜要求，将洪钟宇暨金玉均的尸体一并引渡给朝鲜。由于金等于甲申政变中曾谋杀多名守旧派大臣，深为保守势力所仇恨，朝政府遂将金之尸体枭首断肢，以泄其愤。日本起初对此大肆渲染，煽动敌视朝鲜与中国的情绪，宣称清引渡金尸，致其被枭首戮尸，是对日本的侮辱，也是日中韩三国间外交的重大问题。一些好战的浪人团体上书政府，要求立即向清开战，很多高级军官亦鼓动于后。但金为韩人刺杀于租界，清之引渡乃应朝政府请求，日首相伊藤博文与外相陆奥光宗认为借口不足，但日本以武力控制朝鲜，通过战争迫使清廷屈服的计划已准备就绪。
1889年日本宪法将军队的统帅权由内阁移交于天皇，以参谋总长和军令部长为其辅佐，天皇握有宣战、媾和与缔约大权；1893年，天皇又批准了《战时大本营条例》；规定大本营是战时最高统帅机构，由天皇主持，由此完善了对外战争的指挥体系。其多年来派赴中国、朝鲜收集情报的间谍网源源不断输送来的情报也使日本参谋本部对中国各种情况，尤其是军事情势了若指掌，甚至“比中国人自己更清楚地知道，每省可以抽调多少人出来作战56”。日军参谋次长川上操六以旅游为名，于1893年连续赴朝鲜、中国实地考察4个月之久；在中国天津、上海、南京等地参观军火工厂、军事设施、部队操练，李鸿章不知大难将至，还将其作为上宾殷勤款待。川上经过实地考察，确信“中国不足畏惧，增强了必胜信心57”；日本还根据大量情报绘制出了朝鲜、中国东北三省和渤海湾的军用详图，上面标明了这些地区每个小丘和每条道路的位置。日本的战争准备已万事俱备，所缺的只是合适的借口，而这个借口也很快就找到了。
1893年，朝鲜发生了东学党组织的大规模请愿活动，全国处于骚动不安之中。东学教是19世纪70年代开始流行于朝鲜的一种民间宗教，其基本教义杂糅了儒、佛、道教的很多成分，主旨是社会平等、反对贪官污吏和外来思想影响，在农村和下层社会有很大影响。东学教的创始人是崔济愚，由于其思想传播愈来愈广，信徒愈来愈多，引起了政府的注意和恐慌，1863年朝官府将其逮捕，翌年将其杀害并禁止信奉和传播东学教。但东学教仍在地下传播与发展，其第二代教主崔海月利用教徒和农民对政府的不满，发起了为教祖崔济愚申冤的活动，希望借此使东学教取得合法地位。1892年，崔海月率教徒六十余人赴汉城上书官府申冤，翌年又提出“惩办贪官污吏”、“斥倭斥洋”等政治性口号，并在忠清道组织了有数万人参加的报恩集会，要求废除取缔东学教的禁令，号召广大教徒不达目的誓不罢休。朝鲜统治阶层对事态的发展极为震惊，感到单凭安抚已无济于事，而仅靠自身的力量亦难以镇压，遂再次求助于袁世凯和清廷。
袁世凯一向主张早遏乱萌，早在东学教掀起为教主伸冤的活动时，他就“屡次劝韩廷早为翦除，毋使滋蔓”。在崔海月等赴汉城上书时，他又建议朝政府要“格外镇定，毋遽惊惶。为士民倡，宜速治魁首以厉其余，并出示剀切的谕令禁止。”在东学教举行忠清报恩大集会时，面对渐成燎原之势的动乱，朝鲜王室、政府方寸已乱，筹商于袁。袁遂建策“劝其简派公正重臣前往抚辑，将各城镇的贪官污吏和苛政分别汰除，再调各处练军到那里虚张声势，显示将进行征讨，并切实明白地吩咐其解散，倘若终不遵从，再议进剿58。”但韩廷畏葸不决，经袁再三劝说，并表示愿自任督剿，朝政府才派鱼允中带兵赶往忠清道驱散了东学党的集会。
就袁世凯为朝鲜政府设计的对策而言，可以看出他对民间社会动乱有着十分清醒的政治判断。对东学党这类以“神道设教”方式动员组织群众的民间宗教(类似于中国历史上之太平道、白莲教、拜上帝教等)，如不能及时将其遏制于萌芽之中，往往很快发展成燎原烈火，造成整个社会的大动乱，历史上类似的事例屡见不鲜。而消除乱萌的手段就是擒贼先擒王，凡民间宗教运动均建立于对教主的迷信之上，除掉教主，教徒们建立于这种迷信之上的精神信仰亦会随之崩溃，整个运动自会土崩瓦解。
凡一种民间宗教运动的兴起，多出于对社会现实的不满和政治的腐败，镇压是治末，改良政治方为治本。袁建议派“公正重臣前往抚辑，将各邑贪吏苛政分别汰除”的用意即在于此。改良政治，消除腐败的作用就如釜底抽薪，多数人的满意度提高了，对社会的未来、自己的前途抱有希望，少数野心家就难有作为，历史上政治开明、国家繁盛时期几乎没有动乱的原因即在于此。
当然，动乱已成气候之际，政治改良缓不济急，为免于整个社会的崩溃，暴力手段的使用必不可免。但怎样使用，却大有学问。举而不用，通过暴力的震慑作用，不战而屈人之兵，无疑是上策，但前提是相比于对手，你具有压倒性的优势。其次则通过谋略制胜，分化瓦解之，诛杀祸首、胁从不问，袁所建议的即此种方法，其后来在山东镇压义和团时用的也是这种方法。而且成功地治理动乱局面，古今中外，概莫能外。但袁之建议，因朝政府“诸多畏葸，意更游移”而未能全部采纳与实行，东学党运动在消沉了半年之后，又在全罗道复燃。
1894年3月，全罗道古阜、泰仁两郡数千东学教徒和农民在全?准领导下举行了起义，先后成功攻击了两郡官署，并向各地广发檄文，称：“吾辈举义至此，决非他故。所希望的是拯百姓于涂炭，尊国家于磐石，当内斩贪虐之官吏，外逐横暴之强敌59”，号召广大民众加入起义。5月31日，全?准攻占全罗道首府全州，东学党声势大振，起义势如野火，迅速蔓延到忠清、庆尚、京畿、江原、黄海等道，发展成为全国性的政治动乱。
早在3月古阜爆发起义时，袁即电告北洋，要求派兵船赴朝弹压：